企业向所属的科研机构和高等学校提供的研究开发经费资助支出，不实行抵扣应纳税所得额办法。
企业等社会力量向科研机构和高等学校资助研究开发经费，申请抵扣应纳税所得额时，须提供科研机构和高等学校开具的研究开发项目计划、资金收款证明及其他税务机关要求提供的相关资料，不能提供相关资料的，税务机关可不予受理。
（二）软件开发企业实际发放的工资总额，在计算应纳税所得额时准予扣除。
四、关于外商投资企业和外国企业所得税
外商投资企业和外国企业资助非关联科研机构和高等学校研究开发经费，参照《
中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》中有关捐赠的税务处理办法，可以在资助企业计算企业应纳税所得税额时全额扣除。
五、关于进出口税收
（一）对企业（包括外商投资企业、外国企业）为生产《
国家高新技术产品目录》的产品而进口所需的自用设备及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，除按照国发〔１９９７〕３７号文件规定《国内投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，免征关税和进口环节增值税。
（二）对企业（包括外商投资企业、外国企业）引进属于《
国家高新技术产品目录》所列的先进技术，按合同规定向境外支付的软件费，免征关税和进口环节增值税。
软件费是指进口货物的纳税义务人为在境内制造、使用、出版、发行或者播映该项货物的技术和内容，向境外卖方支付的专利费、商标费以及专有技术、计算机软件和资料等费用。
（三）对列入科技部、外经贸部《中国高新技术商品出口目录》的产品，凡出口退税率未达到征税率的，经国家税务总局核准，产品出口后，可按征税率及现行出口退税管理规定办理退税。
六、科研机构转制问题
（一）中央直属科研机构以及省、地（市）所属的科研机构转制后，自１９９９年至２００３年５年内，免征企业所得税和科研开发自用土地的城镇土地使用税。
本条所指科研机构不包括：已经转制和已并入企业的科研机构，以及所有从事社会科学研究的科研机构。
