（三）科研机构转制为科技型企业时，要在工商行政管理部门登记注册为企业法人；有条件的可以依照《
中华人民共和国公司法》改制为有限责任公司或股份有限公司；注册名称可用原科研机构名称（去掉原主管部门）或用符合登记规定的其他名称。
科研机构转制为科技型企业并实行属地化管理的，要到所在省、自治区、直辖市工商行政管理部门登记注册，其国有资产、人员编制、劳动工资等均划归地方政府管理。其中规模较大的，在改制后５年过渡期内，可由地方政府代表、国务院有关部门代表、有资金注入的相关行业骨干企业代表和本单位代表组成理事会。理事会的主要职责是，确定企业的发展方向和主要领导人的人选。
对少数转制为中央直属的大型科技型企业，由原主管国家局推荐，经科技部、国家经贸委、人事部审核并报国务院批准后，到国家工商行政管理部门登记注册；其子公司或子企业以及直属分支机构到所在省、自治区、直辖市工商行政管理部门登记注册。其资产管理及有关财务关系交由财政部负责，领导干部的职务交由中央企业工委、人事部管理。
科研机构转制为科技型企业后，要建立现代企业制度，按社会主义市场经济的新机制运行，在经营、管理方面依法享有充分的自主权。同时，要加强研究开发工作，保持企业的持续创新能力。
（四）科研机构进入企业后，可作为企业的技术开发机构、子公司或其他分支机构。进入国有独资企业的，其国有资产划转给所进企业；进入其他企业的，其资产经评估后作为国有资产投资，由地方政府对投入的国有资产进行监管。
（五）少数科研机构转为技术服务与中介机构的，经国家批准，可保留事业单位性质，实行企业化运营。按照属地化原则，这类机构原则上交由所在省、自治区、直辖市政府管理，其资产、人员编制和经费同时划转。
（六）科研机构转制后，国家确认的技术认证和质量监督检验中心、进出口商检中心，要保持相关机构和人员的稳定，经国务院有关部门审核认定后，继续承担国家交给的任务，接受国务院有关部门的监督和业务指导，以保持其开展相关业务的公正性。对这类中心，国家财政继续给予必要的经费支持。具体改革管理办法由科技部会同质量技术监督局、国家经贸委、财政部等另行制定。
（七）科研机构转制后，原具有学位授予权的，继续列入国家招生计划招收研究生，报国务院学位委员会备案。研究生的培养要加强与高校的联合，基础课的授课任务可委托相关高校承担。
（八）在转制期间，２４２个科研机构的现有领导班子要保持相对稳定，确保国有资产不流失，日常工作仍以国家局管理为主。
