第十五条 重点规划项目评审分预审、初评和综合评审三个步骤进行。
１．预审 根据申报项目的情况，预审分若干个小组分别进行。预审可采用会议评审或与函评结合的方式进行。联合办公室遴选对每组项目所涉及的科学问题及其应用背景有深入了解的同行专家若干人组成相应的预审专家组，负责相关项目的预审。
２．初评 初评一般采用会议形式，分若干小组分别进行。初评专家组由联合办公室负责组建，其成员应是熟悉相关工作的高水平同行专家，必要时可聘请部分管理专家参加。初评专家组审议申报项目建议书，听取项目建议人的报告和答辩，进行民主评议后，对建议项目的重要性、科学性、可行性、学术带头人及研究集体的情况等提出科学、客观、公正的初评意见，通过记名投票方式确定项目的排序，并由联合办公室汇总、整理后形成初评报告，提交专家顾问组审定。
３．综合评审 综合评审专家委员会由专家顾问组成员和参加初评的专家代表等人员组成。综合评审会议由专家顾问组主持，在听取初评报告和申报项目建议人答辩并征求有关部门意见的基础上，通过集体讨论及记名投票方式对项目进行综合评价，提出项目评审意见和优先立项顺序。
重点规划项目的立项评审工作实行回避制度。
第十六条 专家顾问组对综合评审结果进行审查和讨论，提出重点规划项目立项建议，经科技部部务会审定后立项。
第四章 组织实施
第十七条 科技部公布立项项目后，由联合办公室提出组织实施方案，经专家顾问组咨询、科技部审定后开始组织实施。
第十八条 重点规划项目可根据专家顾问组的咨询意见分“直接启动”和“择优启动”两类组织实施。
第十九条 重点规划项目设立首席科学家，实行首席科学家领导下的项目专家组负责制。
首席科学家由科技部聘任，每个项目一般只设一名首席科学家，首席科学家年龄一般不超过６０岁，确实需要时，年龄放宽至６５岁，同时可配备一名５０岁以下的首席助理。超过６５岁不再担任首席科学家，但可作为项目学术顾问。项目学术顾问的聘请由首席科学家自行决定。
项目专家组一般由７人左右组成，由首席科学家提名，商项目依托部门后报科技部聘任。
