六、创新基金鼓励并优先支持产、学、研的联合创新，优先支持具有自主知识产权、高技术、高附加值、能大量吸纳就业、节能降耗、有利环境保护以及出口创汇的各类项目。
七、创新基金不得支持低水平的重复建设、单纯的基本建设、技术引进和一般加工工业项目。
八、根据中小企业和项目的不同特点，创新基金分别贷款贴息、无偿资助、资本金投入等不同的方式给予支持：
（一）贷款贴息：对已具有一定水平、规模和效益的创新项目，原则上采取贴息方式支持其使用银行贷款，以扩大生产规模。一般按贷款额年利息的５０％－１００％给予补贴，贴息总额一般不超过１００万元，个别重大项目最高不超过２００万元。
（二）无偿资助：主要用于中小企业技术创新中产品研究开发及中试阶段的必要补助、科研人员携带科技成果创办企业进行成果转化的补助。资助数额一般不超过１００万元，个别重大项目最高不超过２００万元，且企业须有等额以上的自有匹配资金。
（三）资本金投入：对少数起点高、具有较广创新内涵、较高创新水平并有后续创新潜力、预计投产后具有较大市场需求、有望形成新兴产业的项目，采取资本金投入方式。资本金投入以引导其他资本投入为主要目的，数额一般不超过企业注册资本的２０％，原则上可以依法转让，或者采取合作经营的方式在规定期限内依法收回投资。具体办法另行制定。
九、科学技术部是创新基金的主管部门，负责审议和发布创新基金年度支持重点和工作指南，审议创新基金运作中的重大事项，批准创新基金的年度工作计划，并会同财政部审批创新基金支持项目，向国务院提交年度执行情况报告等。
十、财政部是创新基金的监管部门，参与审议创新基金年度支持重点和工作指南，并根据创新基金年度工作计划，每年分两批将创新基金经科学技术部拨入创新基金管理中心专用帐户，同时对基金运作和使用情况进行监督、检查。
十一、由具有一定权威的技术、经济、管理专家和企业家组成创新基金专家咨询委员会，负责研究创新基金年度优先支持领域和重点项目，指导创新基金年度支持重点和工作指南的制定，为创新基金管理中心提供技术咨询。
