四、主管部门滞留、欠拨水利专项资金，地方配套资金不到位问题突出。１９９６年至１９９７年，淮河水利委员会及淮河流域的安徽、江苏、河南、山东四省的一些水利部门共滞留欠拨国家治淮专项资金６．４９亿元，占同期国家投入治淮资金总额的３６％，致使很多工程不能按期完工，造成损失浪费，而滞留的资金多数被转作银行存款生息，共获得利息收入２７４８万元，大部分转作各单位的自有资金。山西省滞留在财政、计划等部门的水利资金２５０４．６万元，有的滞留时间长达三年以上，一些地区还以资金紧缺为由，少拨或不拨应由地方配套的水利专项资金。至１９９７年底，长江流域的一些地方政府共欠拨长江水利工程配套资金３．０２亿元，占应配套资金的３９％。湖北省荆州市政府以不直接受益为由，对应拨付洪湖分蓄洪区二期工程配套资金７９０万元，分文未拨。１９９６至１９９７年，湖南省应配套水利资金３１０９．２５万元，实际仅配套７１１．５万元，占２２．８８％。
五、擅自改变项目投资计划，违规将水利投资实行有偿使用。１９９６年，长江水利委员会自行调减湖北荆江大堤工程投资计划１５００万元，并将其中的５００万元用于本委的职工宿舍建设。松辽、珠江、海河水利委员会未经国家有关部门批准，擅自将国家下拨的水利基本建设投资２．１３亿元实行有偿使用。１９９０年以来，松辽水利委员会将无偿改为有偿使用的水利项目共１９个，金额１．１３亿元，至１９９７年底，已收取资金占用费６７０万元，其中，继续用于有偿使用项目的仅１５９万元，其余５１１万元全部用于自身的管理费开支和下属公司的开办费等。
水利是农业的命脉和国民经济的基础产业。今年长江、嫩江和松花江流域的特大洪水再一次警示我们，必须高度重视并切实搞好水利建设，决不能有丝毫懈怠。水利专项资金审计中发现的上述问题，必须予以高度重视，采取切实有效措施加以解决：
（一）各级政府及审计、监察等部门对这次审计查出的水利专项资金筹集、管理和使用中存在的问题，必须逐一依法严肃查处，决不能姑息迁就。除给予经济处罚外，还必须追究有关直接责任人和领导人的行政责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。有关地区和部门应将上述问题的处理结果，于１９９９年４月底前报审计署，由审计署汇总后报国务院。今后，要进一步加大审计监督力度，坚决查处各种挤占挪用水利专项资金的行为，确保专款专用，使有限资金发挥最大的效益。
