第五条 动植物检疫机关对装载动植物、动植物产品或其他检疫物的船舶、进境修理船舶及动植物疫情爆发或流行期间进境的船舶登船检疫，其他船舶视情况抽查。
对船舶进行现场检疫的检查场所主要是：货舱、食品舱、冷藏室、厨房、生活区以及动植物性废弃物和泔水的存放处等。对进境船舶进行现场检疫的重点是船员自用的非货物性质的动植物、动植物产品、动植物残留物、废弃物、泔水和害虫等。
第六条 对办妥进入口岸手续的船舶，动植物检疫机关出具《船舶动植物检疫通知单》或在《申报簿》上加盖船检专用章。
第七条 检疫处理原则：
1．对发现有《
中华人民共和国进出境动植物检疫法》第
十八条规定的病虫害或
一般生活害虫超标准的物品或场所，必须作除害处理，并出具《船舶动植物检疫处理通知单》通知船方按规定处理。
2．发现有国家规定禁止或限制进境物的，视情况作封存或者销毁处理。
3．对船上的猫、狗等宠物，限船上指定区域隔离，并检查检疫证书和预防接种
证书，如发现无证或证书过期的则禁止将宠物带离船舶，并应注射疫苗并出具预防接种证书。
4．对船上的泔水和动植物性废弃物，要求船方放在指定的地方，并进行防疫处
理。
5．对装载活动物进出境的船舶，按动物检疫有关规定进行检疫和处理。
6．对船舶装载物的植物性铺垫材料，按植物检疫有关规定进行检疫和处理。
第八条 船舶驶离口岸前，船方或其代理人到动植物检疫机关办理出口岸手续。输出口岸手续时，须准确填写《总申报单》、《船用物品申报单》、《货物申报单》或《航行港澳小型船舶申报簿》，并提供载货清单以及装载的动植物、动植物产品和其他检疫物的检疫放行凭证。
对符合规定的，动植物检疫机关在《船舶出口岸手续联系单》上签注或在《申报簿》上加盖船检专用章。
第九条 对定航线、装载非动植物、动植物产品或其他检疫物，并在24小时往返一个或一个以上航次的船舶，动植物检疫机关允许办理定期进出口岸手续。
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