（六）统一负责打击走私工作，组织查处走私案件，组织实施海关缉私，负责对走私犯罪案件进行侦查、拘留、执行逮捕、预审工作。
（七）制定海关稽查规章制度，组织实施海关稽查。
（八）研究拟定口岸对外开放的整体规划及口岸规范的具体措施和办法，审理口岸开放。
（九）垂直管理全国海关，管理全国海关的组织机构、人员编制、工资福利、教育培训及署管干部任免。
（十）研究拟定海关科技发展规划，组织实施海关信息化管理，管理全国海关经费、固定资产和基本建设。
（十一）开展海关领域的国际合作与交流。
（十二）承办国务院交办的其他事项。
根据国务院规定，管理国家出入境检查检疫局。
三、内设机构
根据上述职责，海关总署设１０个职能司（局、厅）：
（一）办公厅（口岸规划办公室）
协助署领导研究拟定海关工作的方针政策和发展规划，组织政策研究；负责综合情况、审定文稿、沟通信息、组织会议、新闻宣传、办公自动化、督查督办和文书档案管理；研究提出各类对外开放口岸的整体规划及口岸通关中各有关部门的工作关系。
（二）政策法规司
研究拟定海关法律、法规及实施办法；研究拟定各类进出口管制政策的海关监管规章和进
出口商品分类目录并组织实施；指导、审理行政复议，指导行政应诉工作；受理知识产权海关保护备案申请，组织实施知识产权海关保护。
（三）关税征管司
研究提出关税和进口环节税征收管理规章制度；管理进出口货物完税价格审定；组织实施国家关税和进口环节税减免；研究提出对特定地区、特殊贸易方式以及特殊商品的关税征管规定并组织实施；组织实施反倾销、反补贴措施；研究提出加工贸易、保税仓库、保税工厂海关监管制度并组织实施；研究提出保税区监管制度并组织实施。
（四）通关管理司
研究提出海关通关作业及进出口货物通关管理的规章制度并组织实施；管理通关数据，监督通关作业运行；组织实施信息化管理；研究提出海关风险管理制度并组织实施。
（五）监管司
研究提出进出境运输工具监管的规章制度并组织实施；研究提出进出境货物及其相关港口、场站、仓库等场所的查验规范和监控制度并组织实施；组织实施企业和人员的海关注册、登记及备案管理；研究提出进出境行邮物品、国家禁止或管制物品的监管规定并组织实施。
