（四）水资源水文司（全国节约用水办公室）
承办水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；拟定省际水量分配方案并组织实施；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；指导全国计划用水、节约用水和城市供水的水源规划，指导全国水文工作。
（五）经济调节司
拟定水利行业的经济调节措施，对水利资金的使用进行宏观调节；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；指导部属单位的财务工作，负责部机关的财务管理。
（六）人事劳动司
承办部机关并指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和专家工作；承办直属单位的部管干部的管理；组织部管干部、国家公务员及科技干部的培训；指导水利系统劳动保护、安全生产工作；指导水利行业职工队伍建设。
（七）国际合作与科技教育司
承办政府间水利方面的涉外事宜，组织水利行业对外经济、技术合作与交流，办理国际河流的涉外事务；拟定水利科学技术与教育发展规划；承办重大水利科学研究与技术推广工作；组织拟定水利行业技术质量标准和规程、规范并监督实施；指导部属科研机构和院校的工作。
（八）建设与管理司
拟定管理和保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、河堤、海堤的规章制度、技术标准并监督实施；组织对江河湖泊和水利工程的防洪安全管理；组织指导大江、大河、大湖的综合治理与开发；组织具有控制性或跨省（自治区、直辖市）的重点水利工程的建设和验收；指导水利行业的供水、水电管理；组织指导水库、水电站大坝的安全监管。
（九）水土保持司
承办全国水土保持工作，协调水土流失综合治理；拟定水土保持工程措施规划并组织实施；组织全国水土保持重点治理区的工作；组织水土流失的监测；对有关法律、法规的执行情况实施监督。
（十）农村水利司
研究提出农村水利的方针政策、发展规划，拟定有关的规范和标准；指导全国农田水利基本建设和农村水利社会化服务体系建设；组织拟定大型灌区规划；指导乡镇供水和农村节约用水工作；指导农田水利工程管理制度的改革。
机关党委。负责部机关及在京直属单位的党群工作。
四、人员编制
水利部机关行政编制２２０名。其中：部长１名，副部长４名，司局级领导职数３７名（含正副总工程师各１名和机关党委专职副书记）。
离退休干部工作机构、后勤服务机构及编制，按有关规定另行核定。
