（三）拟定节约用水政策、编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督节约用水工作。
（四）按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质、审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。
（五）组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和省（自治区、直辖市）间的水事纠纷。
（六）拟定水利行业的经济调节措施；对水利资金的使用进行宏观调节；指导水利行业的供水、水电及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
（七）编制、审查大中型水利基建项目建议书和可行性报告；组织重大水利科学研究和技术推广；组织拟定水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范并监督实施。
（八）组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导大江、大河、大湖及河口、海岸滩涂的治理和开发；办理国际河流的涉外事务；组织建设和管理具有控制性的或跨省（自治区、直辖市）的重要水利工作；组织、指导水库、水电站大坝的安全监管。
（九）指导农村水利工作；组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水工作。
（十）组织全国水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。
（十一）负责水利方面的科技和外事工作；指导全国水利队伍建设。
（十二）承担国家防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全国防洪工作，对大江大河和重要水利工程实施防汛抗旱调度。
（十三）承办国务院交办的其他事项。
三、内部机构
根据上述职责，水利部机关设１０个职能司（厅）：
（一）办公厅
协助部领导对各司工作进行综合协调、组织机关日常工作；承办文秘档案、政务信息、保密保卫、重大会议组织、宣传和信访工作；负责机关内部规章制度建设。
（二）规划计划司
拟定国家水利发展战略、中长期发展规划；组织拟定水长期供求计划；承办大型水利基建项目建议书可行性报告的编制、审查工作；组织编制流域综合规划和专项规划，协调流域开发工作；按照流域规划的要求，对大中型水电站建设的选址、库容规划提出意见；承办水利综合统计。
（三）政策法规司
拟定水利法制建设规划；研究提出水利方面的方针政策，拟定有关规章制度和改革方案；实施指导水政监察和水行政执法工作；承办省际和部门间的水事纠纷协调的有关工作；承办水利部行政诉讼、行政复议和普法教育工作。
