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（三）政策法规司
拟定国家环境保护政策和法规，制定行政规章；承担重大经济和技术政策、发展规划和重大经济开发计划环境影响评价工作；组织环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作；组织开展对各地方、各部门贯彻执行国家环境保护法律法规的执法检查。
（四）行政体制与人事司
承担总局机构编制和人事管理工作；组织全国环境保护行政表彰；指导环境保护系统行政管理体制改革和规范化建设。
（五）科技标准司
组织协调环境保护科学研究和技术引进；组织环境保护重大科技攻关和技术示范工程；管理环境保护科技成果；制定环境保护行业标准；承办地方环境保护标准备案工作；管理全国环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展。
（六）污染控制司
拟定和组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放、危险废物经营许可、有毒化学品进出口登记、行政代执行等环境管理制度；组织编制环境功能区划；组织拟定和监督实施国家重点流域、重大区域污染防治规划；承办可用作原料的废物进出口许可工作。
（七）自然生态保护司
组织拟定和监督实施自然生态保护法规和规章；组织拟定生物多样性保护计划；组织编制全国自然保护区规划；提出新建的各类国家级自然保护区审批建议；监督管理国家级自然保护区；监督自然资源开发活动中的环境保护；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化防治工作；监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作；管理生物技术环境安全；负责农村生态环境保护；指导全国生态示范区建设和生态农业建设。
（八）核安全与辐射环境管理司（国家核安全局）
承担核安全、辐射环境、放射性废物管理工作，拟定有关方针、政策和法规；参与核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行统一监督管理；对核材料的管制和核承压设备实施安全监督；承担有关国际公约和双边合作协定实施工作。
（九）监督管理司
拟定和组织实施开发建设活动环境影响评价、“三同时“、排污收费等各项环境管理制度政策法规和规章；管理环境监测和环境监测网；指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；指导城乡环境综合整治。
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