根据以上职能调整，国家煤炭工业局的主要职责是：
（一）研究拟定煤炭工业的发展战略、行业规划，提出煤炭资源合理开发利用的建议，促进行业结构调整，引导行业合理布局。
（二）研究提出发展煤炭工业的方针、政策和法规；组织制订行业规章、规范和技术标准；协调行业内部关系，维护公平竞争秩序；研究提出煤炭产运需衔接和有关政策的建议。
（三）研究制订煤炭工业体制改革的政策和措施，指导国有煤炭企业改革、改组，建立现代企业制度，推动国有煤炭企业兼并破产、扭亏增盈、转产分流，实施再就业工程。
（四）组织实施国有重点煤矿下放工作。
（五）依法整顿煤炭生产和经营秩序，关停违法开办和经营的各类煤矿。
（六）推动直属事业单位的改革，使其面向社会、进入市场、减少补贴、减员增效。
（七）掌握和分析煤炭工业生产动态，汇集、分析和发布国内外煤炭经济技术和市场信息，提供信息咨询服务。
（八）组织政府间煤炭工业经济技术合作与交流。
（九）承办国务院和国家经济贸易委员会交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述主要职责，国家煤炭工业局设５个职能司（室）：
（一）办公室（外事司）
办理机关文秘、档案、保密、行政事务等工作；组织政府间煤炭工业经济技术合作与交流。
（二）规划发展司
研究拟定煤炭工业发展战略、行业规划；指导大型矿区总体规划，引导行业合理布局；推进煤炭行业结构调整，优化产业结构和产品结构，促进煤炭资源合理开发和综合利用；提出煤炭产运需衔接和有关政策的建议。
（三）行业管理司（地方乡镇煤矿整顿办公室）
研究提出发展煤炭工业的方针、政策和法规，组织制订煤炭工业生产建设技术规程、规范和标准；汇集、分析和发布国内外煤炭经济技术和市场信息，提供信息咨询服务；协调煤炭行业内部关系，维护公平竞争秩序；组织推动整顿地方乡镇煤矿，关停违法开办和经营的各类煤矿。
（四）企事业改革司（企业下放办公室）
研究提出煤炭工业体制改革的政策措施，推进国有煤炭企业改革和结构调整，建立现代企业制度；推动国有煤炭企业兼并破产、扭亏增盈、转产分流，实施再就业工程；组织国有重点煤矿下放工作，处理企业移交工作中的人事、财务、资产、债权债务等事项。推进直属事业单位的改革，使其在３年内面向社会、进入市场、减少补贴、减员增效。
（五）人事司
