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研究制订卫生人才发展规划、卫生机构编制标准、卫生人员工资福利标准，指导卫生专业技术人员的资格认定工作，负责部机关机构编制和国家公务员管理。负责直属单位的机构编制、劳动工资、职称和专家管理及领导干部任免事宜；指导卫生系统全国性表彰工作。
（三）规划财务司
研究提出卫生事业发展规划，指导区域卫生规划工作，统筹规划与协调全国卫生资源配置，拟定卫生财务管理规章；研究提出卫生服务价格建议，组织拟定国家卫生装备标准，协调国外卫生贷款的利用工作。
（四）卫生法制与监督司
制订卫生立法规划，组织协调卫生法律、法规、规章、技术规范、标准的拟定工作。负责卫生行政复议和对卫生执法的监督。监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生，组织制订食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。
（五）基层卫生与妇幼保健司
研究拟定农村卫生、社区卫生服务的发展规划和服务标准，指导初级卫生保健规划的实施。研究城市基层卫生服务体系的改革；制订妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施；统筹协调健康教育工作。
（六）医政司
研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理法规和服务标准，拟定医务人员执业标准、服务规范；监督医疗机构的医疗质量和服务质量，依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；协助地方人民政府和有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护。
（七）疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）
拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病、地方病的综合防治；发布检疫传染病和监测传染病名录；组织调度全国的卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。承办全国爱国卫生运动委员会的日常工作。
（八）科技教育司
研究拟定国家重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；制定基础性研究、重大疾病研究、应用研究的政策和措施；组织协调国家重点医药科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作；组织研究医学卫生技术标准。拟定医学教育发展规划和成人医学教育管理办法；指导医学专业学位建设和高中等医学教育教学工作，指导部属院校的教学工作。
（九）国际合作司
组织指导医疗卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流和卫生援外工作，组织参与国际组织倡导的有关卫生方面的重大活动；组织协调我国与世界卫生组织及其他国际组织在医学卫生领域的交流与合作。管理外事行政业务及部机关外事活动。
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