拟定水运基础设施建设、水路运输的行业政策、规章和技术标准；维护水路交通行业的平等竞争秩序；负责水运基础设施建设有关项目的管理；负责水运设施的维护和管理；负责水运规费稽征和国际国内水路运输、港口、船舶代理、外轮理货及其他水运服务业的管理；组织实施国家水路重点物资运输和紧急运输。
（八）科技教育司
拟定交通行业科技、教育发展政策和规划，推进科研、教育体制改革，负责交通重大科技项目的实施；管理交通行业标准和计量工作；指导交通行业高等教育、成人和职业技术教育工作。
（九）国际合作司
管理交通外事工作；负责政府间交通行业涉外工作；管理公路、水路交通与国际组织有关事宜，开展国际交通经济技术合作与交流。
（十）公安局
管理和指导港口、航运公安工作。公安局由交通部、公安部双重领导，业务工作以公安部为主。
机关党委。负责部机关和在京直属单位的党群工作。
四、人员编制
交通部机关行政编制为３００名。其中：部长１名，副部长４名，司局级领导职数３７名（含总工程师２名，机关党委专职副书记）。
离退休干部工作机构、后勤服务机构及编制，按有关规定另行核定。
五、其他事项
（一）关于道路交通安全管理。
道路交通管理体制维持现状，待下一步进行深入调查后，作为专题，研究管理体制的改革与职责分工。
（二）关于水上安全监督管理体制。
沿海（包括岛屿）海域和港口、对外开放水域及主要跨省、自治区、直辖市内河（长江、珠江、黑龙江）干线及港口的水上安全监督管理，实行“一水一监、一港一监”垂直管理体制，由交通部统一领导。合并中央与地方的水上安全监督机构，统一政令、统一布局、统一监督管理；在统一领导体制下，界定有关水域的中央与地方的管理分工。
中华人民共和国船检局（交通部船舶检验局）与中国船级社实行“局社、政事分开”，同中华人民共和国港务监督局（交通部安全监督局）合并组建中华人民共和国海事局（交通部海事局）。海事局为交通部直属机构，局长由交通部主管副部长兼任，实行垂直管理体制。主要负责行使国家水上安全监督管理和防止船舶污染、船舶及海上设施检验、航海保障的管理职权。
中国船级社作为社团组织（事业法人），承担船舶及海上设施的具体检验业务。
