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研究和提出民航行业发展战略，编制民航行业航线网络、机队建设、机场建设、科技开发和信息系统等中长期发展规划和年度计划；审核、报批企业购买和租赁民用飞机及进口机电设备的申请；管理民航基建、技改和利用外资项目等工作；负责民航行业综合统计和信息化工作。
（四）财务司
研究并提出民航行业价格政策和财会规章制度，组织实施宏观经济调节；管理有关预算资金和专项基金；审核汇编直属企事业单位年度财务预决算；拟定航空运价和各项收费标准并监督实施；协调有关财税政策；负责民航外债监管、协调；实施财会监督，维护国家投入民航资本的权益。
（五）人事教育司
指导民航人事劳动制度改革，管理和指导直属单位人事、劳动工资、机构编制工作；按照干部管理权限管理直属单位领导干部；管理民航院校，组织和指导人才开发、培训教育工作；管理和指导行业职业技能鉴定和专业技术职务评聘工作；组织拟订劳动和劳动安全行业标准。
（六）国际合作司
拟定发展国际和地区民航关系的方针政策；组织参加国际民航组织和其他有关国际组织的活动，办理有关国际民航公约、条约及协议的具体事务；办理民航企业与外国航空企业签订有关协议的审批工作并监督实施；指导驻国际民航组织代表处工作；办理涉香港特别行政区及澳门、台湾地区民航事务；办理民航人员因公出国审批工作。
（七）运输司
拟定国内、国际航空运输、通用航空政策和规章制度，规范管理航空运输和通用航空市场；审核国际、国内航线和国内外航空公司加班、包机的申请，对民航运输企业及其他企业实行经营许可管理；协调航班计划，组织协调重大、紧急航空运输和通用航空作业任务。
（八）飞行标准司
拟定民用航空飞行标准及管理规章制度，对民用航空器的运营人（含在国内的外国运营人）实施运行合格审定和持续监督检查；负责飞行人员和飞行签派人员的资格管理，对飞行训练机构和设备进行合格审定；管理民用航空卫生工作，对飞行人员身体条件进行合格审定。
（九）航空器适航司
拟定民用航空器适航管理标准和规章制度，负责民用航空器型号合格审定、生产许可审定、适航审查、国籍登记、维修许可审定和维修人员资格管理并持续监督检查；审核批准运营人维修系统和民用航空器的适航和可安全运行状态，颁发适航指令并监督实施。
（十）机场司
拟定民用机场建设和安全运行标准及管理规章并监督检查。审核民用机场场址、总体规划及组织竣工验收工作，对机场专业工程设计、施工、监理单位及社会中介组织实施资质管理；对民用机场实行使用许可管理，负责机场飞行区适用性、环境保护、土地使用、净空保护和应急求援的行业管理；对民航特种车辆和地面专用设备实行生产许可管理。
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