国家财政对医疗机构的经费投入有限，医疗机构主要靠其自身的医疗服务收入来弥补经费不足，维持正常运行。医疗机构本应以医疗技术服务收费为主来补偿经费的不足，但由于医疗技术服务收费的价格明显低于劳务价值，不能弥补经费的不足。当前，医疗机构用于补偿经费不足的主要收入来源是药品的销售收入和仪器检查的收费，特别是与药品有关的收入占医院业务收入的５０－－６０％。这种补偿机制既不利于鼓励提高医疗技术服务水平，也使有些医院出现了开大处方，卖高价药等问题，损害了患者的利益，影响了行业风气的好转。这种状况，不仅造成了医疗服务和医药资源的严重浪费，而且使一些管理不严的医院出现了以所谓“折扣”的高低决定是否进药的现象，也使回扣难以杜绝。
　　国家医药管理局认为：医、药不分业和医疗补偿不到位是回扣、折扣风盛行的根源。这既不利于鼓励提高医疗技术服务水平，影响医疗事业健康发展，也造成医药工商企业效益严重流失，严重损害药品消费者的经济利益，同时也腐蚀了一批人员。应借鉴国际通行的作法，结合我国医疗保障制度改革，逐步实行医与药分业，从根本上解决医药回扣和高折扣问题。
　　总的来看，整治药品回扣，规范医药市场秩序，是一项长期、复杂的工作，专项检查只是刹风治标的权宜之计，要根本解决药品回扣问题，还需要深化改革，标本兼治，综合治理。从１９９７年１１月份对全国的联合检查来看，绝大多数省、自治区、直辖市均提出，集中时间、集中力量的联合专项整治工作可告一段落，今后应把药品回扣纳入经常性的监督管理，加强监督检查，及时发现问题，及时解决。鉴于两年来药品回扣专项整治的情况，考虑到医药市场存在的深层次问题，必须通过深化改革和综合治理才能解决，我们建议从１９９８年开始，作为以刹风治标为目标的专项整治可告一段落，转入正常监督与执法工作，并采取有力措施防止反弹。同时，要深化改革，加强综合治理。
　　专项检查告一段落后，各部门要继续把整治药品回扣作为本部门的重点工作，各司其职，各负其责，常抓不懈。行业主管部门要把制止回扣和整顿折扣作为纠正行业不正之风的主要内容，广泛宣传，并制定全国性的加强行业管理的规章制度，严格监督。执法部门要加大执法力度，严肃查处药品回扣等商业贿赂案件，打击制假和违法经营药品行为，遏制药品回扣风的抬头。国家计委正在积极研究制定全国性的规范药品折扣的办法，建议尽快出台，明确折扣的财务处理方式，规定药品折扣的比例，以堵塞药品回扣及其他形式的商业贿赂的漏洞，防止回扣风反弹。同时针对专项整治中发现的医疗医药体制上存在的深层次问题，要加快改革的步伐，完善医疗医药体制改革的配套制度和措施。特别是要完善药品价格管理机制，加强药品价格管理；逐步理顺医疗服务价格体系，进行结构调整，提高医疗技术服务收费（包括手术费、诊断费等），降低药品收入和仪器检查收费的比重，解决医疗机构过分依赖药品收入维持正常运行的问题；加强医药企业的宏观调控和管理，调整医药行业产业结构，严格审批制度，对低水平重复建设中出现的技术水平低、生产能力弱、缺乏竞争力的企业进行改组、整顿；进一步清理医药流通渠道，规范药品经营行为，制止挂靠经营、承包经营药品等现象，铲除药品回扣滋生蔓延的土壤。只有通过深化改革，解决医疗医药体制存在的深层次问题，才能从根本上杜绝药品回扣，创造良好的医药市场秩序，保护广大群众利益。

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