－－坚持有所赶、有所不赶。紧密结合国家确定的战略重点，集中力量在重点领域造成局部优势，实现重点突破；同时，考虑到基础性研究的不可预见性和各学科领域间的关联性，在总体部署上，要实行点面结合，注意协调发展。
－－鼓励多学科结合，促进新生长点的产生与发展。根据当今科技发展综合化的趋势，针对高等学校学科众多和科研组织单学科居多的实际，要加强学科交叉综合和科研队伍的联合与优化组配，逐步形成一批孕育新生长点与重大突破的学科群和研究群体。
－－实行统筹规划、分头实施、分类指导、分层次管理。将学科发展、科研基地建设、人才培养和重大项目研究四者结合起来，统一规划部署，分别纳入相应渠道付诸实施。对高等学校基础性研究所，科学研究中心，国家重点实验室，部门、地方重点（开放）实验室，校级研究机构等实行分类指导，分级管理，纳入各级科技系列予以支持。
－－坚持改革与发展相结合。以改革促发展，在发展中进行改革实践。当前高等学校科技体制改革要着重结构调整和人才分流，进一步完善运行机制和管理制度。
三、奋斗目标
到２０１０年，结合《
中国教育改革和发展纲要》的深入贯彻和“２１１工程”的组织实施，要力争实现以下目标：
（一）大大增强培养高层次科技人才能力，提高科技水平、教育质量。使若干所重点大学的整体水平进入世界先进行列；几十所重点大学真正办成既是教育中心、又是科研中心，其中部分学科点跃居世界先进水平；其他学校和学科点水平也有明显提高。
（二）建设好一批基础性研究骨干基地，造就一支精干高效的研究队伍。要建设和办好包括国家科学研究中心、国家重点实验室、基础性研究所等在内的２００个左右基础性研究重点基地，其中若干办成世界上有影响的学术中心；培养造就上千名优秀年轻学科带头人，上万名优秀年轻骨干，其中一些成为国际知名科学家。
（三）抓好一批重要科技领域与课题，取得一批重大成果，为“科教兴国”做出应有贡献。使基础性研究学科布局和课题设置趋于合理；研究内容进入世界科技前沿和经济社会发展中有重要带动作用的基础问题；部分领域达到世界先进水平，若干方面取得重大突破，居于国际领先地位。
（四）科技体制改革有明显成效。通过深化改革，使高校精干的基础性研究力量真正纳入国家科技系列，争取在“稳住一头”中得到稳定的经费支持，确立主力军地位。形成适应和促进社会主义市场经济发展，符合当今科技发展规律，研究工作与人才培养紧密结合，开放、流动、整体有序的基础性研究体制。
