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高等学校管理体制改革。“九五”期间，以“共建”和“联合办学”为主要形式，扩大学校投资渠道和服务面向，淡化和改变学校单一的隶属关系。加强省级政府统筹和条块结合，推动有条件的学校进行实体合并，部分专业通用性强、地方建设需要的中央部门所属学校，可转向省级政府管理。到２０１０年，中央政府只管理少数有代表性的骨干学校和一些行业性强、地方政府不便管理的学校，较多的学校要转由地方政府管理或以地方为主管理。深化学校内部人事、分配等制度改革，推动生活后勤工作社会化，使学校办学活力显著增强，效益明显提高。
农村和城市教育综合改革。要在地方政府统一领导下，成立由计划、财税、科技、教育、劳动、人事等部门参加的统筹协调机构，对经济、科技、教育发展进行统筹规划。推进农科教结合、“三教统筹”以及“燎原计划”与“星火计划”、“丰收计划”的有机结合。根据当地经济社会发展的需要和各类教育的不同特点，积极进行社区教育试点，进一步推动城市教育综合改革，积极探索现代企业教育制度和城市教育管理的新体制。
运行机制改革。根据地区间发展不平衡的实际，国家在保证大政方针统一的前提下，对教育事业实行分区规划、分类指导。转变政府职能，由对学校的直接行政管理，转变为运用立法、规划、拨款、信息服务、政策指导和必要的行政手段等，进行宏观管理，确立和落实学校面向社会自主办学的法人实体地位。到２０１０年基本建成比较配套的教育法规体系和比较完备的教育决策咨询系统、信息系统、督导评估系统，逐步形成自我发展和自我约束的运行机制。
招生、收费和毕业生就业制度改革。“九五”期间，要积极推动高等学校和中等专业学校公费生和自费生并轨，普遍实行学生缴费上学制度，同时建立完善奖学金、贷学金、勤工俭学制度和对家庭经济困难学生实行减免学杂费制度。随着劳动人事制度改革和招生制度的完善，积极推动毕业生就业制度改革。近期内以实行“供需见面、双向选择”为主，到２０１０年前，除实行定向招生和享受定向、专项奖学金的学生按规定方向或合同就业外，其他毕业生基本实行在国家政策指导下自主择业的就业制度。
教学改革。进一步转变教育思想，改革教学内容和教学方法，克服学校教育不同程度存在的脱离经济建设和社会发展实际的现象。按照现代化建设的需要调整课程结构，用现代科学文化发展的新成果充实和更新教育内容，加强基本知识、基础理论和基本技能训练。高等教育要拓宽专业服务范围，加强实践环节教学和训练，促进教学、科研、生产（社会应用）三结合，提高学生分析问题和解决问题能力。改革和完善小学毕业生就近入学，初中毕业生升学考试，高中毕业生会考和高考制度，减轻学生过重的学习负担，使学生在德、智、体等方面全面发展。
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