第三十一条 在中日政府年度贷款协议签定后，凡属统借自还的部委、省市项目单位必须在正式使用贷款前明确还款部门，办妥使用、偿还贷款及担保的手续。在年度贷款协议签订后，由负责还款的部门与中国对外经济贸易信托投资公司签署转贷协议，并在国家外汇管理局注册、登记。
第三十二条 各有关部委和省市项目单位必须明确债务责任，落实偿还贷款的来源渠道和办法，按规定和程序还本付息。
第三十三条 各有关部委和省市项目单位必须逐年落实系统建设用国内配套资金，若配套资金不落实，影响项目实施，国家信息中心有权取消其使用日元贷款的资格。
第三十四条 当国家审计署和地方审计机关对项目进行审计时，各项目单位应按审计要求如期报送财务报表，如实反映情况并提供材料。
第三十五条 贷款办公室将根据使用贷款额度按比例收取项目管理费。
第八章 项目的评价、验收与后评估
第三十六条 项目完成的定义为：整个系统完成后，再运行一年。在各部委、省市项目完成时，应提交相应的项目竣工报告。贷款办公室将组织有关单位共同全面评价有关部委和省市项目技术成果和效益，并在三个月内向ＳＥＩＳ项目领导小组提交有关部委和省市项目竣工报告。项目评价标准和竣工报告的格式由贷款办公室根据日本ＯＥＣＦ有关规定拟定。
第三十七条 在所有有关部委和省市项目全部完成时，由贷款办公室负责编制总项目竣工报告，经ＳＥＩＳ项目领导小组审查后送ＯＥＣＦ和国内有关部门审查并组织验收。
第三十八条 根据ＯＥＣＦ有关后评估的要求，在本项目竣工后第三年、第七年将对各项目单位进行后评估。各项目单位应协助完成后评估工作，并做好系统的正常运行维护工作。
第九章 项目的奖励与惩罚
第三十九条 国家信息中心贷款办公室将根据各有关部委和省市项目进度及质量情况组织评议工作，表彰有关部委和省市项目单位在项目组织实施中成绩突出的单位与个人，颁发荣誉证书和给予奖励。
