“绿色证书”由农业部统一印制，并制定“绿色证书”管理办法，各省、自治区、直辖市及计划单列市农业部门根据管理办法负责“绿色证书”的具体管理工作。
每年二月底以前，各省、自治区、直辖市及计划单列市“绿色证书”制度工作领导小组办公室或农业部门应将上年开展“绿色证书”培训与发证人数分行业、按专业汇总上报至农业部教育司及对口专业司（局）。
第五章 持证人员的使用与管理
第二十一条 取得“绿色证书”的农民，在发证机关所辖区域范围内具有从事本岗位工作的技术资格，跨区域的“绿色证书”认证，须经所跨区域的发证机关审核认可。“绿色证书”应规定有一定的有效期，到期应接受规定的培训与考核，并由县行业考评小组或农业部门对证书复核验印后，才能延续使用。各个岗位“绿色证书”的有效期，由各省、自治区、直辖市及计划单列市“绿色证书”制度工作领导小组或农业部门根据不同专业及各地实际情况做出具体规定。
第二十二条 对取得“绿色证书”的农民要优先安排农业项目承包和贷款，并给予必要的支持。农村基层干部和农业社会化服务体系录用农民技术人员，要逐步做到从获证农民中选拔。实施“绿色证书”制度工作的县应组织有关部门，根据不同行业和当地实际，制定相应的配套政策和措施，明确持证人员的权利和义务。对不具备国家承认的中等专业技术学校以上毕业学历的农民，应首先取得“绿色证书”，才能申请评定和晋升农民技术职称。
第六章 评估、检查与奖惩
第二十三条 各级“绿色证书”制度工作领导小组，负责对下级实施“绿色证书”制度工作进行业务指导、质量检查和监督评估，对违反本管理办法的，有权责令其检查、限期整顿或取消其发证权；对违反本管理办法规定开展培训业务的，有权责令其限期整顿或取消其培训资格。“绿色证书”制度领导小组应将以上处理情况向上级领导小组报告。
第二十四条 农业部对农民学科学、用科学标兵和在农民技术教育中作出显著成绩的先进集体、先进工作者进行表彰或授于荣誉称号。省、地、县应制定相应的表彰奖励办法。
第七章 附则
第二十五条 各省、自治区、直辖市及计划单列市“绿色证书”制度工作领导小组及农业部门，在同级政府的领导下，可根据本管理办法，结合当地实际情况，制定实施细则。
