通过清查，一是摸清非农业建设用地数量及利用情况，了解建设用地的潜力，为盘活存量、节地挖潜和加强土地宏观调控提供依据，为实现耕地总量动态平衡战略目标服务；二是制止乱占耕地、违法批地、浪费土地和非法交易行为，依法加强建设用地管理；三是总结经验教训，健全有关法规、规章，完善政策措施，规范建设用地管理和土地市场。
清查处理要实事求是，区别对待。过去已清查过，并已依法处理的或已按规定补办用地手续，进行了土地登记的，主要是清查情况，统计数量。但对于这次清查出的非法批地、非法占地、毁损耕地及非法转让、出租、抵押土地的行为要逐个依法查处，情节恶劣，后果严重的要从严处理。对于闲置撂荒的土地，要限期复垦还耕；由于建设确需占用的土地必须在依法查处违法行为之后按有关规定补办用地手续。
根据国家土地管理局《关于坚决制止突击审批耕地的紧急通知》（国土传［１９９７］第６号）精神，凡在今年４月１日至１４日期间违反用地审批程序、报件不全、按规定不应批准、越权批准或其他非法批准占用耕地的突击批地行为一律无效，并要区别情况依法作出处理。不属于非农建设占用耕地冻结范围的建设用地，应依法补办用地手续；属于非农建设占用耕地冻结范围的建设用地，批准文件、协议、合同等一律无效，征用、占用的土地一律退回，并做好善后工作；对于越权批地或其他非法批地的，要按违法行为查处，造成严重后果的，要追究主要负责人的责任。
三、清查方法与步骤
采取各级自查自纠与上级抽查相结合，以自查自纠为主的办法。重点要抓好市、县的清查工作。在各级自查自纠的基础上，由上级检查组进行重点抽查。清查工作大体分为三个阶段：
（一）准备发动和调查摸底阶段（６月３０日前）
各级组建清查工作领导机构和专门工作班子，研究制定清查工作方案，进行动员部署。同时，运用各种新闻媒介，广泛宣传开展非农建设用地清查工作的必要性、重要性，以引起全社会的重视。
结合用地单位自查申报和群众揭发举报，对清查范围内的各类建设用地逐宗进行调查摸底，登记造册。通过调查摸底，查清依法批准和实际占用土地的数量及目前利用情况，特别是耕地“农转非”的数量及利用情况；查清违法批地、违法占地、突击批地情况，特别是乱批乱占耕地、土地闲置、耕地撂荒的数量及原因。
（二）自查自纠和重点抽查阶段（７月１日－－８月３１日）
各地根据调查摸底的情况，对查出和群众举报的问题进一步调查核实，区别不同情况，依法作出处理，并写出情况报告。
