动用国家专项储备粮供应的大米、小麦粉的差价补贴标准，按军供价与国家专项储备粮结算价的差价加必要费用计算。
甘肃、青海、内蒙古、新疆４省（自治区）通过市场筹措的军供大米的差价补贴标准，按军供价与筹措成本的差价计算。
“前运粮”和加工野战食品用粮中通过市场筹措的大米、食油、大豆和饲料等的差价补贴标准，按军供价与筹措成本的差价加必要费用计算。
食油、大豆的差价补贴标准，按军供价与省会城市同一品种上一年度市场平均价格（考虑当年粮油价格变动因素）的差价计算。马料及警犬、信鸽等所需饲料的差价补贴标准，按军供价与省会城市同一品种上一年度市场平均价格（考虑当年粮价变动因素）的差价计算，实行定额补贴。
向符合退发军粮差价条件的单位和人员退发大米、小麦粉差价款的标准，每年初由财政部、国家粮食储备局、总后勤部按略低于军供价与全国省会城市上一年度平均市价的差价，并考虑当年粮价变动因素后计算确定。
实行上述办法后，现行由中央财政和省级财政各负担５０％的军粮差价补贴款，改为由中央财政统一拨补，原省级财政负担的５０％军粮差价补贴款由中央财政如数上收。各地筹措成本高于中央财政补贴标准部分，由省级人民政府负担，但对通过市场筹措军供大米的甘肃、青海、内蒙古、新疆４省（自治区）筹措成本高于军供价的差价开支，由中央财政再给予适当补助。各地供应海、空勤人员及医院（疗养院）伤病员（休养员）优质米面的差价中，高于核定补贴标准的等级差价部分，由中央财政再给予适当补助。
三、军粮财务管理
军粮差价补贴款必须实行专项管理。粮食部门、财政部门和部分后勤军需部门均实行财务与业务合一的、自上而下的专户、专项管理。各级有关部门必须确保军粮差价补贴款专款专用，严禁挤占、截留和挪用。军粮差价补贴款继续实行预、决算制度，上年末编制预算，年终决算。
为保证供应部门及时筹措粮源，军粮差价补贴款按季提前预拨。大米、小麦粉的差价补贴款，由国家粮食储备局会同财政部，通过国家粮食储备局在中国农业发展银行总行及各级粮食主管部门在中国农业发展银行分支机构设立的军粮差价款补贴专户，逐级预拨给军粮供应单位。食油、大豆、马料及警犬、信鸽饲料的差价补贴款，退发单位和个人的大米、小麦粉差价款，“前运粮”中大米、小麦粉的差价补贴款和加工野战食品用粮的差价补贴款，由财政部预拨给总后勤部军需部和武警总部后勤部（不含武警部队“前运粮”补贴款）军粮财务专户，由部队后勤军需部门逐级预拨至团（旅）级单位军粮财务专户。
部队分散单位和零星执勤人员、在家起伙人员、探亲休假人员及由部队管理的军队离退休人员等定量内大米、小麦粉的差价款，由部队后勤军需部门负责按一定比例在系统内退发，粮食部门不再办理军粮差价退发业务。
