(二)项目审核和资金下达。农业部收到各地、中国水产科学研究院和全国水产技术推广总站上报的申报文件后，按要求进行审核，并将审核结果和实施意见报送财政部。财政部负责下达项目资金，农业部负责下达项目任务。
(三)项目实施。各省(区、市)及计划单列市、中国水产科学研究院和全国水产技术推广总站根据财政部下达的项目资金、农业部下达的项目任务以及本实施指导意见，编制本地区(本单位)具体实施方案，报农业部备案后组织实施。
1．增殖放流。各地各单位要严格按照《
水生生物增殖放流管理规定》、《全国水生生物增殖放流总体规划》、《全国珍稀濒危水生动物增殖放流规划(2011--2015年)》实施增殖放流项目。经济物种放流苗种供应单位的确定须符合政府采购等相关规定，在信誉良好、科研力量雄厚、技术水平高，并持有《水产苗种生产许可证》的苗种生产单位中，按照“公开、公平、公正”的原则确定，同等条件下优先选择国家级、省级水产原良种场、资源增殖站作为放流苗种供应单位。珍稀濒危物种放流苗种供应单位须在农业部公告的珍稀濒危水生动物增殖放流苗种供应单位中选择。要与增殖放流苗种供应单位签订项目合同书，明确增殖放流物种、规格、数量、提供时间等内容。要加强对增殖放流苗种供应单位的技术指导和监督检查，确保健康、优质、无病害、无药物残留的水生生物苗种用于增殖放流，避免对放流水域生态造成不良影响。项目单位要精心组织，认真做好放流苗种的规格测量、计数、运输、投放、验收等工作，确保足额完成承担项目所要求的各项增殖放流任务。要按照2011年2月1日起正式实施的《水生生物增殖放流操作技术规程》(SC／T9401--2010)要求开展增殖放流，已经制定具体技术规范的品种，要严格按照相关技术规范要求执行。要建立放流过程公证公示制度，对放流区域、时间、品种、规格和数量等有关情况，应通过适当形式向社会公示；具备条件的水生生物放流，应由相关公证机构出具公证书，接受社会监督。对大规格水生生物苗种尤其是珍稀濒危水生生物苗种，要选取一定比例进行标志放流。
2．海洋牧场示范区建设。要根据政府采购有关规定，确定人工鱼礁建造、投放以及藻类苗种供应单位，并与其签订相应合同，明确礁体构造、规格、数量、投放海域、投放时间以及海藻种类、规格和数量等。加强海洋牧场示范区技术支撑，明确具体科研院校作为技术指导，开展礁区渔业资源监测和评估以及海藻底播增殖。要在项目实施海域显著位置设立海洋牧场示范区标志牌，注明项目名称、实施海域地理坐标、设立时间、资金规模、资金来源、具体承担单位等重要信息。
