专项资金主要支持中央级科研院所（不含转制为企业的原中央级科研院所）科技基础性工作的开展，主要包括：
（一） 基础数据类：对科技、经济与社会发展具有重要影响的基本科技数据与资料的采集、鉴定、分析和积累等方面的工作。
（二） 基础标准类：对经济与社会发展具有重要作用的国家基础标准和计量、检测体系维护更新等方面的工作。
（三） 种质资源类：对科技及其产业发展具有重要意义及具有我国自然、地理与人文资源特色的动物、植物、微生物等种质资源及各类标（样）本的采集、鉴定、分析和保存等方面的工作。
（四） 其他有关科技基础性工作。
第五条 专项资金的支持方式
专项资金按照批准的项目（任务）采取一次性补助的支持方式；每个项目的支持额度为30～500万元；支持额度大的项目，要严格控制数量。
第六条 专项资金的支出范围
专项资金的支出范围包括项目费和组织管理费。项目费主要用于开展科技基础性工作发生的相关支出，主要包括：原材料及标（样）本购置费、小型仪器设备购置费及相关业务费等，项目费由项目（任务）承担单位管理和使用；组织管理费主要用于开展项目评审（评议）、监督检查等工作发生的支出，支出预算经财政部核定后，由科技部具体管理和使用。
第七条 科技部根据国家科技、经济与社会发展规划和科技发展的需要，结合国家财力可能，制定并发布年度《中央级科研院所科技基础性工作专项资金支持重点》。
第八条 项目的申报
（一） 申报的项目必须符合本办法有关规定，并经过科学论证。
（二） 专项资金一般每年申报一次。各单位根据科技部发布的《中央级科研院所科技基础性工作专项资金支持重点》的要求，按规定的时间和要求填写《中央级科研院所科技基础性工作专项资金项目申报书》报送科技部。
第九条 项目的审批
（一）科技部组织专家对申报项目以评审或评议方式进行审查，对专项资金项目及其预算提出意见。
（二）科技部根据评审（评议）意见进行综合平衡，并会同财政部审定专项资金的支持项目及其预算后，由科技部向科研院所下达专项资金通知。
