用人单位要按照《申报表》规定的内容，通过申报系统进行申报。申报工作流程为：
1.用人单位登录申报系统注册；
2.用人单位在线填写和提交《申报表》；
3.安全监管部门审查备案；
4.用人单位打印审查备案的《申报表》并签字盖章，按规定报送所在地安全监管部门。
5.安全监管部门在收到用人单位报送的纸质《申报表》后，应当在5个工作日内，为用人单位开具《职业病危害项目申报回执》（见附件2，可在申报系统中打印），并将《申报表》归入职业病危害项目管理档案。
根据《申报办法》规定，职业病危害项目申报工作实行属地分级管理。中央企业、省属企业及其所属用人单位的职业病危害项目，向其所在地设区的市级人民政府安全生产监督管理部门申报；其他用人单位的职业病危害项目，向其所在地县级人民政府安全生产监督管理部门申报。鉴于一些地区的特殊行政划分，可以根据实际情况作相应调整。同时，为了方便查询和管理，在申报系统中新增加了镇（街道）一级，请有此需要的县（市、区）进入系统后按照有关要求进行操作，并督促乡镇尽快注册自己的政府账号。
国家安全监管总局已经组织对新旧申报系统进行了衔接，原有的注册用户不用重新注册，原有申报系统中用人单位的有关数据仍保留，但由于新旧系统申报内容存在差别，新申报系统中的数据尚不完整，各地区要对此项工作作出部署，督促原有的注册用户按照新的《申报表》尽快完善相关数据。
三、加强申报管理，强化目标考核
各级安全监管部门要积极做好《申报办法》的宣贯工作，大力开展相关培训，增强用人单位开展职业病危害项目申报的积极性和主动性；要加大对安全监管部门尤其是市、县级安全监管部门职业健康监管人员的培训力度，使其尽快熟悉和掌握申报的内容、程序、方式等相关规定，指导企业做好申报工作。要加大对职业病危害项目申报工作的监督检查，对存在职业病危害而未依法申报的用人单位，要责令限期改正，给予警告，可以并处5万元以上10万元以下的罚款；对拒不申报或变更申报的，要严格按照《申报办法》等相关规定进行处罚。各级安全监管部门要把职业病危害项目申报工作纳入安全生产目标考核范围，加大工作力度，确保本地区提出的职业病危害项目申报率等规划指标的顺利实现。要以职业病危害项目申报为基础，尽快建立健全职业病危害用人单位基础数据库，积极探索分类分级监管模式，根据企业职业危害申报情况和职业危害严重程度确定重点监管对象，并加强日常监督检查，督促企业落实职业病防治主体责任，切实保护劳动者的生命安全和身体健康。
