第十二条 中央财政按最终审定的各省实施规划，及前一投资期的项目管理情况，下达指标，指标的下达要体现奖惩原则。
在每年的第一季度，中央财政将指标下达到各省；各省财政部门应及时将指标足额下达到项目区所覆盖的项目县。
第十三条 为加强资金管理，对县以下的项目，通过乡（镇）财政所拨付；县（市）及省建的项目，资金由同级财政直接拨付。
第十四条 为加强自给资金项目管理，每年从中央财政安排的自给资金中安排２％作为地方“粮食自给工程资金项目管理工作经费”；地方财政根据中央财政安排的经费数额，按“中央４０％，地方６０％”的比例，从地方财政预算中作相应的安排；在比例范围之外，地方各级财政不能再提取“粮食自给工程资金项目管理工作经费”及列支前期工作费。
第十五条 “粮食自给工程资金项目管理工作经费”，由各级财政部门统一安排和使用，主要用于规划编制、项目评估、检查验收、成果宣传、档案管理、自给资金管理工作先进单位的奖励等工作环节中必要开支。具体办法另行制定。
第十六条 要加强自给资金的核算管理，年终必须认真编制决算报表逐级上报。
第四章 项目区、项目县及项目
第十七条 项目区是粮食自给工程项目建设的具体实施范围，统一称为“粮食自给工程项目区”。
第十八条 项目区的规划和设置：
（一）粮食自给工程项目区，要以水系流域或地形地貌为中心，集中连片进行规划，形成一定规模，每个项目区的覆盖面最多不能超过１０县（市）；
（二）项目区要根据地理环境或民间习惯进行大概念命名，命名要形象生动，要在项目区周边设置永久性的显著标牌，标牌由各省统一规定。
第十九条 确定项目区的原则：
（一）区内普遍缺粮或发展粮食生产潜力大；
（二）适于改革耕作制度，发展本省缺口粮食品种种植；
（三）与在建的商品粮基地县、农业综合开发等资金建设的项目区严格区分。
