（五）规划目标指标体系设计。综合分析环保、发展改革、住房城乡建设、水利、农业等多部门资料，商有关地方政府，确定“十二五”重点流域水污染防治重点及其指标目标体系。指标体系由水质指标、总量指标、管理指标等构成。规划目标（2015年）以各级政府及广大人民群众广泛关注的敏感水域水质改善和重大水环境问题解决为重点，充分考虑必要性及可达性。
（六）规划任务设计。规划任务设计充分体现宏观与微观相结合，普适性与针对性相结合的原则，总结各控制单元普遍存在的问题和面临的压力，以提高水污染治理水平、削减入河污染负荷、促进产业结构调整、推进节水治污、防范水污染风险为目标，制定包括工业污染源、生活污染源、农业污染源、流动源控制以及水体、海域生态修复恢复的水污染防治综合方案。
（七）项目设计与投资分析。规划任务设计与规划目标充分结合，紧紧围绕改善水环境质量目标，统筹考虑各流域水污染特征、项目的技术经济可行性和投资的水环境效益等因素，按照骨干工程和备选工程设计规划项目。国家考虑各流域水污染特征、项目的技术经济可行性和投资的水环境效益等因素，确定流域水污染防治骨干工程。各地测算实现规划目标所需的治理资金需求，设计备选工程项目，建立规划项目库。
（八）建立规划实施保障体系。研究建立基于污染防治控制单元的水质和污染源监控系统及水质和水量相结合的“双总量”控制系统。要建立“政府引导、地方为主、市场运作、社会参与”的多元化筹资机制。对于政府投资比例较高、总投资较大、易于监管的项目，严格按照基本建设程序管理；对于量大面广、适合通过政府部门联合评估审核后奖励的，可进一步完善“以奖代补”和“以奖促治”的激励机制，研究制定污染赔偿与生态补偿相结合的奖惩措施等。
七、编制组织
（一）规划编制领导小组
建立由环境保护部、国家发展改革委、水利部、工业和信息化部、财政部、国土资源部、住房城乡建设部、交通运输部、农业部、海洋局、国务院三峡办、南水北调办，北京、天津、上海、重庆、黑龙江、吉林、辽宁、云南、贵州、四川、青海、甘肃、湖北、江苏、浙江、安徽、山东、河北、山西、河南、陕西、宁夏、内蒙古23省、自治区、直辖市人民政府组成的规划编制领导小组，其中环境保护部为组长单位，国家发展改革委、水利部为副组长单位，其他单位为成员单位。
