税务稽查要严格按照稽查选案、稽查实施、案件审理、处理决定执行四个工作环节实行分工，形成既相互配合又相互制约的运行机制。城市稽查人员的比例达到总人数的４０％以上。
按照税收征管业务规程的要求，建立健全人工与计算机相结合的科学选案指标体系，有的放矢地进行重点稽查；同时，实施分类稽查管理，合理调整稽查频率，不断提高稽查质量。
在强化对偷逃骗税稽查的同时，要有专门力量负责查漏管户。一方面定期与工商、民政等部门核对登记户数，另一方面要不定期地走街串巷实地查核，以逐步减少以至杜绝漏管户，控制税源。
五、明确职责分工，理顺基层机构
城市直接面对纳税人并承担税收征管工作全部任务和执行税收收入计划的税务分局或区税务局，要按照精简、效能、属地管理、适当集中的原则设置。其中设业务机构，要根据管辖纳税人的多少、税源的大小、征管力量的强弱、计算机应用程度的高低，按照以下四个系列设置：
－－管理服务系列，主要负责纳税咨询、税务登记、发票管理、应纳税额核定、受理各项税务申请、部门配合与协税护税、外部信息采集等。
－－征收监控系列，主要负责受理纳税申报，税款、滞纳金、罚款的征收解库，催报催缴执行，税收计划、会计、统计和税收票证管理等。
－－税务稽查系列，主要负责受理举报、综合选案、实施稽查、案件审理、案件移送、稽查成果分析等。
－－政策法制系列，主要负责税收政策调研反馈、执法监督检查、税务行政复议以及行政诉讼案件的应诉等。
根据上述职责，其内设机构既可在区税务局或税务分局之内设置综合管理、计会征收、税务稽查等职能科（股），也可在区税务局之下设置征收、稽查分局或在税务分局之下设征收、稽查所，但不得超过上级或有关部门核定的机构数。
随着计算机在税收征管领域中的广泛应用，必须加强技术服务和信息管理，在计算机处理业务量大、应用面广的区局或分局，应设专人负责系统功能配置管理，计算机硬件、软件管理，网络管理等工作；大中城市有条件的，也可设置技术服务科（股），并逐步向信息管理过渡。
个体税收税源多、任务大的地方，也可单设个体税务分局，其内设机构可比照上述区局或分局设置。
小城市（县级）的市局原则上仍为管理局，不直接从事征收工作；对纳税户少、税源相对集中的，可以在市局设置办税服务厅，由市局直接负责整个市区税收的征收和管理，以减少行政层次。
根据上述分工，各系列之间必须加强衔接，建立起内在的基本的监控关系，即以税务登记的基础资料和信息，监控纳税人的申报、未申报、中止申报情况；以应征数核算的税收会计分户帐，监控纳税人应缴、减免、实缴、滞欠和提退情况；以纳税申报、税款征收、发票使用资料和信息的对比，监控纳税人履行义务的动态变化，为税务稽查提供案源和依据；以登记、申报、缴税和违章与否，监控发票供应情况等。
