（一）加强统筹规划。各地应结合本地区经济社会发展规划和环境保护规划，认真谋划农村环境连片整治工作，组织编制“十二五”农村环境连片整治实施方案，明确治理重点区域、治理重点内容、预期治理成效等，提高连片整治工作的系统性、科学性。连片整治村庄原则上从实施方案中选取，并根据实施情况进行动态调整。
（二）合理确定连片整治布局。农村环境连片整治区域要按照国办发[2009]11号文件规定的“以奖促治”政策优先实施范围要求，保障直接影响群众健康的水环境安全，并结合当地污染防治、生态保护的重点工程确定。为进一步突出治理成效，在具体项目布局时，要将三个方面的村庄纳入重点支持范围：一是《关于印发〈“问题村”环境治理应对机制与程序〉的通知》（环办函[2010]44号）确定的“问题村”；二是全国主要污染物排放总量控制“十二五”规划确定的纳入减排范畴的村庄；三是重点流域水污染防治“十二五”规划所确定重点流域优先控制单元范围内的村庄。
（三）科学选取治理方式和技术模式。在收录本地区科研院所和环保企业研发技术的基础上，结合本地区农村环境污染现状，对区域性存在突出环境问题的村庄实行连片整治，因地制宜，科学选取适宜不同自然生态条件和经济发展水平的低成本、高效益、便于运行维护的农村环保治理方式和实用技术。
（四）建立农村环境综合整治项目库。进行项目储备，适时掌握项目申报、资金安排、项目实施、运行维护等情况，提高项目管理的计划性和科学性。项目库实行分级管理和动态管理，按国家、省、市、县四级（省直管县除外）权限建立项目库。省级财政、环保部门定期组织将符合条件的项目入库，做好项目储备，动态更新已安排项目的实施情况及运行维护情况。
（五）建立农村环境污染防治设施运行维护长效机制。项目布局时，要预先考虑农村环境污染防治设施建成后的运行维护问题，包括运行维护方式、资金解决渠道等；实施方案制定和污染防治技术选取时，既要考虑建设成本问题，还要考虑运行维护成本和难易程度；项目通过验收后，县级人民政府应及时组织办理资产移交，结合本地区城乡基础设施管理权限划分，明确设施管理主体，加强技术指导，建立健全设施维修、养护、运行等各项规章制度，并结合各地实际情况，采取财政补贴、村镇自筹、收取费用等方式解决运行维护资金。鼓励开展集中运营和委托第三方运营，促进设施运行维护的专业化、市场化。
五、采取综合配套措施，不断提高专项资金使用效益
