“十二五”期间，应着重完善农村环保资金投入机制。中央财政将进一步加大资金投入力度，全面推进农村环境连片整治，逐步扩大农村环境连片整治示范范围，加快农村突出环境问题的解决进程。农村环境连片整治示范省份，要在巩固试点示范的基础上，进一步扩大连片整治实施范围、提升连片整治实施效果；非示范省份应积极开展连片整治试点。
地方各级财政、环保部门要结合本地区工作实际及财力状况，建立稳定的农村环保资金渠道，不断加大投入力度，积极配合专项资金投向，并切实保障项目前期经费、组织实施经费以及考核验收、监督监测、成效评估等工作经费。同时，地方各级财政、环保部门要同国土、建设、交通、农业、水利等涉农部门加强协调沟通，鼓励和支持其他涉农资金与农村环保资金整合，集中投入综合整治，提高资金使用效益。
三、强化激励和监督手段，不断促进资金管理机制创新
（一）优化预算安排。为进一步强化地方职责，充分调动各地开展农村环境综合整治的积极性和主动性，“十二五”期间，财政部、环境保护部根据各地农村环境综合整治工作开展情况并结合财力可能，核定对各地的资金补助规模，支持各地开展农村环境综合整治和国家级生态乡镇、国家级生态村的创建。各地在资金补助规模范围内按照有关规定及要求自主选择项目，制定农村环境综合整治实施方案报财政部、环境保护部备案。各地报备的实施方案是预算安排、项目实施和监督检查的重要依据。
（二）加强监督检查。建立预算执行跟踪与通报制度，每季度通报示范省预算执行情况和项目实施情况；加强项目实施情况督查和专项资金核查，强化过程和结果监督；加强项目验收和环境成效评估，总结经验，不断优化工作机制。
（三）完善奖惩机制。实行项目储备、预算执行、项目实施成效与预算安排联动；鼓励农村污染防治项目适用技术和工艺的研发及推广，引导国家重大环保科研成果的示范试点应用；推动管理创新，对采取投资、设计、建设和运营一体化模式的项目进行补助（奖励）；鼓励各地探索建立农村环境综合整治长效机制，对委托第三方运营的农村环境污染防治设施运行维护费用进行补助（奖励）等。
地方各级财政和环保部门要不断完善专项资金管理各项制度，认真执行责任制、报备制、参与制、公示制等制度，建立县级环保部门审核、县级财政部门按照项目实施进度核付资金的县级报账制度，完善项目招投标制度，建立专家审查和现场勘察相结合的项目审查机制。要不断推动专项资金管理机制创新，加强专项资金监管，充分运用信息公开、督促检查、审计监督、考核验收等手段，确保资金使用安全高效。
四、加强顶层设计，不断完善项目管理基础工作
