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（三）有121个项目未严格履行基本建设程序，占审计抽查项目总数的15.87%。如克拉玛依至乌尔禾高速公路和乌尔禾至阿勒泰高速公路未立项就提前开工建设，后因部分路段发现油田而被迫改线，造成损失浪费5394.31万元。
审计指出问题后，新疆自治区人民政府要求各建设单位补充和完善基建程序，加强项目管理，杜绝未立项先开工的情况。克拉玛依至乌尔禾高速公路和乌尔禾至阿勒泰高速公路的可行性研究报告和初步设计已于2011年12月通过交通运输部审查。新疆自治区交通厅与克拉玛依油田部门协商，已向油田建设单位提出补偿要求，将已建成公路的改线调整情况上报交通运输部审批。
（四）审计查出1194份合同存在未按规定公开招投标、违规确定中标人等问题，涉及金额占这些合同投资计划总额的16%；有245份合同存在施工单位违规转分包、无资质承揽工程等问题，涉及金额占这些合同投资计划总额的2%。如新疆自治区吐鲁番鄯善县洋海湾新村安居富民工程的勘察设计工作未经过招投标，而是由鄯善县政府以召开办公会议的形式确定勘察设计单位；云南第二公路桥梁工程有限公司于2009年8月，将中标金额3.35亿元的奎屯至克拉玛依高速公路第二标段违法转包给新疆道路桥梁工程总公司，后者又将该项目转包给不具备相应施工资质的民营企业，并按3%的比例收取管理费914.92万元。
审计指出问题后，新疆自治区人民政府要求各职能部门健全和细化招投标管理制度，严格遵守关于招投标的各项法律、法规，建立供应商不良行为档案及履约评价体系，对于非第一名中标单位要有充分依据，并详细说明原因。新疆自治区人民政府还对新疆道路桥梁工程总公司等单位的违法转包行为下发了处罚文件，对新疆道路桥梁工程总公司违法转包行为给予291万元罚款，并通报全疆各建设单位，同时要求各建设指挥部和施工单位在今后的支持新疆发展项目建设中，严格遵守国家和地方规定，严格整顿违规转分包、无资质承揽工程问题，营造规范有序的市场环境。
（五）有34个项目存在工程质量监督检查不到位、施工不符合设计规范等问题，占审计抽查项目总数的4.46%。如新疆电力公司750千伏输变电工程的现场监理人员未按规定履行职责，由他人代签隐蔽工程验收记录51份，占抽查记录数的36%；在南疆吐库二线项目中天山隧道工程中，由中铁十八局集团有限公司承建的隧道左线工程有6处二次衬砌耳边墙渗水，由中铁隧道局集团有限公司承建的右线工程有9处钢拱架间距超过设计间距。
审计指出问题后，有关单位及时进行了整改。新疆电力公司对750千伏输变电工程竣工档案的所有施工记录进行清查，对存在代签的施工记录，由责任单位和责任人重新核实签证；中铁十八局集团有限公司和中铁隧道局集团有限公司责成施工单位对质量问题采取疏通泄水孔、重新安设拱架以及复喷混凝土等技术处理，目前已修复完毕，质量符合设计文件要求。
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