（一）制定专项管理办法；
（二）发布专项申报指南；
（三）下达专项立项计划，审核签订《国家中医临床研究基地科研专项课题任务书》（以下简称《任务书》）；
（四）组织进行项目验收。
第七条 省级中医药管理部门负责本地区专项的日常管理。主要包括：
（一）结合本地区基地病种防治的需求，审核专项申报指南建议；
（二）组织专项课题的评审，提出立项建议；
（三）组织对专项课题年度检查或评估；
（四）协调专项实施中出现的问题，向国家中医药管理局报告并提出建议；
（五）协助国家中医药管理局进行专项课题的验收及评估，组织推广成果；
（六）把专项课题纳入科技重点工作予以支持，匹配相应经费；
（七）承担与专项管理相关的其他工作。
第八条 基地负责专项的组织实施。主要包括：
（一）根据基地病种临床及科研的难点及关键技术，提出专项申报指南建议及研究经费额度；
（二）设立专项科研经费，并按照《任务书》要求，及时拨付经费，提供保障条件；
（三）牵头或参与专项课题，开展协作研究；
（四）及时转化和应用专项课题研究的成果；
（五）按要求进行牵头专项课题的总结和自评估；
（六）参与本基地病种相关课题的验收。
第三章 组织实施
第九条 基地业务建设专家指导组、督导组负责对专项的指南、立项、评估与验收等工作进行学术咨询和把关。
第十条 专项申报指南（包括研究目标、内容、成果及相关要求）由基地组织专家论证后提出，经省级中医药管理部门审核后，由国家中医药管理局审定并统一发布。
第十一条 基地或其他符合条件的单位均可根据指南要求申报专项课题；病种研究基地牵头的专项课题数量及经费额度均不得超过60%；非病种研究基地的牵头单位必须和病种研究基地签订任务协作和成果共享协议。
第十二条 病种研究基地所在省级中医药管理部门负责组织专项课题的受理，评审专家与国家中医药管理局共同商定，负责专项课题评审工作，病种研究基地协助承担具体工作并提供经费，评审结果按要求报送国家中医药管理局。
