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（3）原辅料及与食品接触材料的食品安全危害识别的充分性和控制的有效性；
（4）生产加工过程中的卫生标准操作程序（SSOP）执行的有效性；
（5）生产过程中对食品安全危害控制的有效性；
（6）产品可追溯性体系的建立及不合格产品的控制；
（7）食品安全验证活动安排的有效性及食品安全状况；
（8）受审核方对投诉的处理。
对于第一阶段审核过的HACCP体系的相应部分，被确定为实施充分有效并符合要求的，第二阶段可以不再对其审核，但认证机构应确保HACCP体系已审核的部分持续符合认证要求。第二阶段的审核报告应包含第一阶段审核中的审核发现，并且应清楚地表述第一阶段审核已经确立的符合性。审核记录应能体现审核人员对HACCP计划中CCP技术参数的判断。
第一阶段和第二阶段审核的间隔应不超过6个月。如果超过6个月，应重新实施第一阶段审核。
5.4.2对于审核中发现的不符合，认证机构应出具书面不符合报告，要求受审核方在规定的期限内分析原因，并说明为消除不符合已采取或拟采取的具体纠正和纠正措施，并提出明确的验证要求。认证机构应审查受审核方提交的纠正和纠正措施，以确定其是否可被接受。受审核方对不符合采取纠正和纠正措施的时间不得超过3个月。
5.4.3审核组应对在第一阶段和第二阶段审核中收集的所有信息和证据进行分析，以评审审核发现并就审核结论达成一致。
5.4.4审核组应为每次审核编写书面审核报告，认证机构应向受审核方提供审核报告。
5.4.5产品安全性验证
为验证危害分析的输入持续更新、危害水平在确定的可接受水平之内、HACCP计划和前提计划得以实施且有效，特别是产品的安全状况等情况，在现场审核或相关过程中应采取对申请认证产品进行抽样检验的方法验证产品的安全性。
认证机构应根据我国和进口国（地区）有关指南、标准、规范或相关要求策划抽样检验活动，确定检验方法和检验项目。抽样检验可采用以下三种方式：
（1）委托具备相应能力的检测机构完成，检验机构应满足GB/T 27025的要求；或
（2）由现场审核人员利用申请人的检验设施完成；或
（3）由现场审核人员确认由其他检验机构出具的检验结果的方式完成。
当采用利用申请人的检验设施完成检验时，认证机构应提出对所用检验设施的控制要求；
当采用确认由其他检验机构出具检验结果的方式完成检验时，出具检验结果的检验机构应具备资质和能力，并依据《检测和校准实验室能力的通用要求》（GB/T 27025）获得实验室认可。同时，认证机构应提出以下相应的控制要求：
（1）检验结果时效性的合理界定；
（2）检验结果中的检验项目不全时的处理方式。
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