每年3月31日前，财政部会同海关总署、国家税务总局核定并通知本年度免税进口计划。
农业部有关行业司（局）在核定的年度免税品种、数量范围内签发种子种源免征进口环节增值税的证明文件（以下简称免税证明文件）。农业部有关行业司（局）应核定、确认种子种源进口单位的资质、进口种子种源最终用途以及免税进口申请数量的合理性等事项。对不同类型种源免税审批内容见《农作物种子进口免税政策实施细则》或《草种进口免税政策实施细则》或《种畜禽进口免税政策实施细则》或《水产苗种进口免税政策实施细则》（分见附件1、附件2、附件3及附件4）。
在本年度种子种源（不包括警用工作犬、繁育用的工作犬精液及胚胎）免税进口计划下发前，对于上一年度免税进口计划中已列名的种子种源品种，农业部有关行业司（局）可以在上一年度确定的免税进口额度的30%以内，提前签发免税证明文件。种源进口单位取得免税证明文件后，凭免税证明文件到海关办理免税手续；未取得免税证明文件或报关进口数量超过免税证明文件批准数量的种源进口单位，按海关规定缴纳进口环节增值税。
进口单位在种源入境后，应当立即向所在地有关管理部门和农业部有关行业司（局）备案。因计划变动等原因已获得审批但实际未进口的，要将审批表退还农业部有关行业司（局）并说明原因。未按规定备案或退还审批表的，在补报相关材料之前暂停其免税进口审批。
经财政部、海关总署、国家税务总局核定的种子（苗）免税进口年度计划以及农业部出具的免税证明文件在公历年度内有效，不得跨年度结转。未经核定或未列入年度计划的进口种源应照章征收进口环节增值税。
三、种源进口免税政策监管与处罚
种源免税进口监管依照“谁审批谁监管”的原则，进口执行单位及进口单位所在地省级行政主管部门对进口单位申报材料的完整性和真实性进行把关，并负责对免税进口种源入境后的使用情况进行监督。
农业部有关行业司（局）应分别于每年7月5日前、10月5日前和下一年1月5日前总结本行业上半年、前三季度和全年进口审批情况，报国际合作司备案，否则将影响下一年度进口额度申报进度；国际合作司汇总后统一报财政部、海关总署和国家税务总局。进口执行情况上报格式及示例见附件5。农业部有关行业司（局）需对本行业报关进口数量与核定免税进口数量有较大差异的品种详细说明原因。
若有关执行单位超过年度核定计划数量签发免税证明文件，应暂停有关公务人员签发免税证明文件的资格，对其予以书面通报批评。
免税进口的种子种源，未经合理种植、培育、养殖或饲养，不得擅自转让和销售。但种子种源进口单位在向执行单位申请免税进口额度时，已经执行单位核准可以转让和销售的，可转让和销售。农业部有关司局加强进口后种子种源用途及流向监管，进行不定期抽查，对经查不符合免税规定的种子种源免税进口单位，按照有关规定予以严厉处罚，并暂停其1年免税资格；依法被追究刑事责任的种子种源免税进口单位，暂停其3年免税资格。
