农业国际合作也面临不少挑战，主要体现在以下几个方面：
（一）国际贸易环境日趋复杂，对国内产业发展的影响不断加大
“十二五”时期，我国农产品贸易面临的国内外环境更加错综复杂。多哈回合谈判进展缓慢，我国劳动密集型优势农产品出口压力不断增加。国内农产品需求刚性增长，农业发展与资源约束之间的矛盾日益突出。能源、投机资本、气候变化等非传统因素增加了国际农产品市场的波动和不确定性，保障国内农产品有效供给和价格稳定挑战增加。劳动力成本上升、人民币升值等压力依然存在，从整体上提升农产品质量安全水平面临不少困难，农产品出口竞争力提升受到制约。
（二）农业关键核心技术引进难度加大，利用外资水平尚需提高
随着我国综合国力不断增强，外国政府和国际机构农业无偿援助和低息贷款条件越来越高，获取援助和贷款的难度越来越大，援助资金逐年减少，对中西部农业国际合作部门开展工作提出了更高的要求。
（三）农业国际合作责任更加重大，面临的制约日益突出
国际社会对我的定位和期望发生转变，发达国家要求我承担更多的责任和义务，发展中国家在资金和技术援助方面对我期望过高，农业国际合作面临更为复杂和敏感的局面。我综合国力显著提升，国际影响力与日俱增，但作为发展中国家的地位没有发生本质改变，履行发展中国家国际责任义务的难度加大。此外，随着农业国际合作内容不断丰富，工作任务日趋繁重，现有财政支持手段不够，农业国际合作能力建设和人才队伍建设尚不能满足发展需要，制约了农业国际合作事业的发展。
三、“十二五”农业国际合作的指导思想、基本原则和发展目标
（一）指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，树立世界眼光和战略思维，统筹国内国际两个大局，坚持把提高农业对外开放水平作为基本方向，把服务农业农村经济发展作为根本任务，把谋求合作、发展和互利共赢作为根本原则，把加强系统能力建设作为根本保障，科学合理布局，大力推进农业国际合作发展方式转变，加快实施农业“走出去”战略，扩大农业国际合作，为实现我国“十二五”农业农村经济发展目标和服务国家总体外交作出积极贡献。
（二）基本原则
1．以我为主，合作共赢。要围绕服务农业农村经济发展中心任务和重点工作，推动农业增效、农民增收和农业国际竞争力增强；统筹考虑国内产业安全、农民利益诉求和国外关注，找准平衡点，务实推动合作，实现互利共赢。
2. 突出重点，合理布局。要根据我国农业农村经济发展和外交战略，结合国内优势农产品区域布局，立足产业、区域发展优势，对我贸易促进的重点产品和区域、科技及资金引进的重点领域和方向进行战略布局。
