(二)入境把关能力不断提高。
组织实施了《全国动物防疫体系建设规划》，追加投资超过5亿元，改扩建一批动物隔离场、实验室和防疫消毒处理设施；完善了进出口产品风险管理机制，开展风险分析并完成150份进口农产品风险分析报告；注册境外农产品生产企业 1251家；组织开展了检疫性实蝇、马铃薯甲虫、检疫性杂草、舞毒蛾、非洲猪瘟、小反刍兽疫等动物植物疫情监测，建立了植物疫情截获评价指标体系；实施了进境植物种苗指定口岸制度；在 126个旅检口岸与海关合作实现了“一机两屏”资源共享，在19个直属检验检疫局旅检口岸配备了 174条检疫犬，形成了较为成熟的入境旅客携带物检疫“人-机-犬”查验模式。 “十一五”期间全系统截获疫情超过100万批次，较好地维护了国门生物安全。
(三)服务“三农”水平不断提高。
开拓了我国优势特色农产品出口新的国际市场，成功地将中国活牛羊和中国鸭梨、香梨、苹果、柑桔、荔枝、龙眼、富贵竹、兰花等产品推向中东、中亚、大洋洲、非洲和欧美等市场；促进农业产业结构调整，引进国外优质种猪18260头、种牛124083头和其他植物苗种，注册出口农产品企业达到20329家；实行出口农产品企业产品质量第一责任人、地方政府负总责、检验检疫机构与相关部门共同承担监管责任的管理体制，与陕西、山东、江西、河北、福建、上海、天津、广东、河南等省市建立了合作机制。 “十一五”期间，出口农产品1750亿美元。
(四)技术保障能力不断提高。
建设并完善了65个动植物重点实验室，其中动物检疫重点实验室33个，植物检疫重点实验室 32个，动植物检疫实验室仪器设备累计投入9．09亿元；建立并完善动植物检疫国家标准、行业标准 452项；取得了国际农产品贸易摩擦与国外检验检疫法规技术标准研究、防范外来有害生物入侵与动植物检疫发展战略研究等宏观战略研究、进境有害生物检测关键技术研究等一批科研项目成果，初步建立了远程鉴定系统、DNA指纹图谱聚类分析软件、植物病毒筛查芯片、纳米荧光示踪检测技术、纳米磁珠核酸提取等技术方法，填补了动植物检疫领域的多项技术空白。
(五)处置突发事件能力不断提高。
制定并完善了《进出境重大动物疫情应急预案》、《
进出境重大植物疫情应急处置预案》、《进出口农产品和食品质量安全突发事件应急处置预案》；制定了2008年北京奥运会、2010年上海世博会、2010年广州亚运会工作方案、应急预案，研究解决了奥运会、世博园、亚运会引进食用农产品、观赏动植物、参赛马匹等检疫问题，开展了大型活动动植物疫情监测，妥善应对了高致病性禽流感、口蹄疫、猪链球菌、甲型H1N1流感、高致病性蓝耳病、舞毒蛾、香蕉穿孔线虫、三聚氰胺等疫情和产品质量安全事件，参与汶川和玉树抗震救灾，完成救援物资和搜救犬等出入境检疫工作。
(六)国际与港澳台交流合作不断深化。
围绕国家外交外贸大局，进一步深化与欧美、拉美、亚洲，非洲等国家和地区动植物检验检疫合作，与美国、澳大利亚、加拿大等40个国家签署了139项动植检协议；积极做好供港澳农产品检验检疫工作2005-2009年累计完成输港澳活动物36万批次、4973万头(只)检验检疫任务，保证了港澳市场的供应；积极落实中央对台工作部署，实施惠及台农政策，扩大台湾水果等农产品进口，促进台湾在大陆农业产业园区的投资与发展，全方位服务两岸“三通”，分别在厦门、台北、福州成功举办了三届两岸农产品检验检疫研讨会，签署了海峡两岸农产品检疫检验合作协议。
