（一）农业环境监测、农业面源污染监测和农产品产地安全管理。用于调查、布点、采样所需交通、差旅、劳务等费用，监测所需必要设备、试剂和耗材购置和样品测试，检测设备运转和维护，技术培训、质量控制和材料印发，数据收集汇总、分析和软件编制、相关图件绘制，监测结果、预警信息上报，产地安全状况发布等。
（二）清洁生产、节能减排、面源污染防治、循环农业、低碳农业等技术模式集成、示范及指导。用于技术示范所需必要设备、试剂和耗材购置，示范点设立和示范相关的培训、教材购置及编写，技术培训和指导人员的交通、差旅和劳务补助等。
（三）农村清洁工程示范建设。用于生活污水处理利用、生活垃圾处理利用、农田废弃物收集处理和乡村物业服务设施建设的水泥、钢筋、砖等建材以及设备购置，建筑设计，建设人员的差旅和劳务补助，技术指导和培训等。
（四）国际环境公约谈判、履约及相关对案研究。用于组织召开相关会议，公约相关材料购买收集、汇总分析和提交相关口径材料，参加相关研讨会议的人员差旅，宣传培训和资料制作印刷等。
第六条 项目资金的使用和管理要按照“突出重点、示范先行、确保实效、专账核算、公开透明、专款专用”的原则。
第七条 农业生态环境保护项目通过项目任务书实行管理。
第三章 申报和实施
第八条 农业部根据农业生态环境保护工作年度计划和重点任务，确定项目承担单位和下达年度项目工作计划，年度项目计划内容包括年度目标、工作要求、工作任务、示范区建设和有关要求。
第九条 地方农业生态环境行政主管部门、科研教学单位等根据年度项目计划的有关要求，结合本单位的基础条件和重点工作方向，制定实施方案，内容包括工作目标、人员安排、实施步骤、资金测算等，经省级主管部门审核后报送农业部；农业部所属单位、全国性学会（协会）和科研教学单位直接报农业部。
第十条 申报项目的单位应当具有生态环境保护、管理或相关工作基础，项目参与人员的一半以上应具有相关专业背景。申报监测类项目的单位，还应具有必须的仪器设备、场地和相应的专业技术人员等基本条件。
第十一条 农业部审核评定项目承担单位的实施方案，根据任务量确定资金额度，下达资金分配计划表，并同时发布项目任务书格式。其中，技术示范类项目根据示范内容和面积确定资金额度，监测类项目根据计划的实际监测面积、监测点数量及内容确定资金额度。
