（一）省（区、市）监狱局是否建立了罪犯定点收押制度，是否有违反规定收押等问题。
（二）监狱办理罪犯的减刑、假释和保外就医是否符合法定条件和程序，是否有编造考核材料、组织虚假鉴定的行为，是否存在徇私舞弊、收受贿赂、贪赃枉法等问题。
（三）在罪犯日常考核、立功（记功）呈报、会见、通讯、服刑场所调动、外出就医、准假离监探亲等方面，是否严格按照有关规定执行。
（四）罪犯中是否存在不穿囚服、不吃囚饭、违反监规使用手机、携带违禁品、违法出入监狱等违法违规行为。
（五）监狱的执法监督及过错责任追究机制是否健全，群众来信来访反映的突出问题是否得到及时处理和解决。
其中，对职务罪犯、黑社会性质组织犯罪主犯和首要分子，以及在本地具有一定社会影响的罪犯（以下简称“三类罪犯”）的管理及执法工作，是这次整顿活动的重点。
三、方法步骤
这次整顿时间为三个月，分三个阶段进行：
（一）学习动员阶段（2006年11月1日-2006年11月30日）
各省（区、市）司法厅（局）、监狱局和各监狱要分别召开动员部署大会，传达司法部对整顿工作的要求，并深入开展社会主义法治理念教育，提高全体监狱人民警察对整顿工作重要性的认识。同时，要对照整顿工作的重点内容，检查在监狱管理和执法工作中还存在哪些薄弱环节，有关制度是否真正得到落实，现有规章制度是否还有需要完善的地方，监狱人民警察的执法行为是否存在违法违纪的现象等。要采取设立举报电话、设置举报箱、征求驻监检察机关意见等方式，多渠道收集整顿的意见和建议。通过学习和动员，要把广大监狱人民警察的思想统一到司法部的要求上来，求真务实，确保实效。
（二）整改阶段（2006年12月1日-2007年1月15日）
针对检查出的突出问题要梳理归类并进行分析，依据有关规定给予处理。对管理工作中不按规章制度办事的行为要限时进行整改。对违法办理的减刑、假释、保外就医，要依法纠正，并追查责任。对监狱人民警察执法工作中的违法违纪行为，要按规定给予党纪、政纪处分；构成犯罪的，移送司法机关处理。对管理和执法工作中出现的违法违纪问题负有领导责任的，要严肃追究其责任。对一些反复性大、长期没有得到解决的问题，要深入剖析发生问题的原因，明确整改的方向，有针对性地制定整改措施，修改、完善各项工作制度，堵塞漏洞，切实规范监狱及监狱人民警察的执法执纪行为。
