项目牵头单位和合作单位应当按照国家有关规定强化间接费用的管理，制定具体的管理办法。遵循公开、公平、公正的原则，合理统筹安排绩效支出，提升科研工作绩效水平。
第二十四条 项目预算编制的要求：
（一）根据项目任务的合理需要，坚持目标相关性、政策相符性和经济合理性原则。
（二）预算编制包括收入预算与支出预算。
收入预算包括中央财政资金和其他资金。其他资金包括地方财政资金、单位自筹资金以及从其他渠道获得的资金。企业为项目牵头单位的项目，企业投入的资金应当不低于项目总预算的50%。
支出预算应当按照项目经费开支范围确定的支出科目和不同经费来源编列，同一支出一般不得同时列支中央财政资金和其他资金。支出预算应当对各项支出的主要用途和测算理由等进行详细说明。
（三）项目下设多个任务的，应当同时编制各任务经费预算。
（四）项目预算由项目牵头单位负责汇总编制。
第二十五条 项目牵头单位和合作单位应当严格按照下达的项目预算执行。项目预算总额一般不予调整，确有必要调整时，应当经项目组织部门审核后报经科技部、财政部批准后执行。
在目标与经费总额不变的情况下，直接费用中材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费和其他费用如需调整，由项目负责人根据实际情况提出申请，报项目总体组同意后，由项目牵头单位审批，科技部在中期财务检查或财务验收时予以确认。设备费、差旅费、会议费、国际合作与交流费、劳务费、专家咨询费一般不予调增，如需调减可按上述程序调剂用于项目其他方面支出。间接费用不得调整。
第二十六条 项目经费支付管理按照财政国库管理制度有关规定执行。
项目牵头单位应当及时按预算核拨合作单位经费，并加强对外拨经费的监督管理。项目牵头单位和合作单位不得层层转拨、变相转拨经费。
第二十七条 科技部、财政部定期对项目经费管理、使用情况进行监督检查和财务审计，逐步建立专项资金的绩效评价制度。
第二十八条 未完项目的年度结存经费，按规定结转下一年度继续使用。项目因故中止（含未通过综合验收），项目牵头单位财务部门应当及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，报项目组织部门，由项目组织部门进行清查处理并报科技部备案，结余经费收回原渠道，并按照财政部关于财政拨款结转和结余资金管理的有关规定执行。
第五章 项目实施与监督
第二十九条 项目实施实行法人负责制。项目牵头单位对项目负责，合作单位对所承担的任务负责。
