（一）直接费用是指在项目实施过程中发生的与之直接相关的费用。主要包括：设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、差旅费、会议费、国际合作与交流费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、劳务费、专家咨询费及其他费用等。
（二）间接费用是指项目牵头单位和合作单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括项目牵头单位和合作单位为项目实施提供的现有仪器设备及房屋，日常水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出，以及绩效支出等。其中绩效支出是指项目牵头单位和合作单位为提高科研工作的绩效安排的相关支出。
第二十二条 直接费用中的劳务费是指在项目实施过程中支付给项目团队成员中没有工资性收入的人员（如在校研究生）和临时聘用人员等的劳务性费用。劳务费预算应当结合单位实际和相关人员参与项目的全时工作时间，科学合理、实事求是地编制，
差旅费的开支标准应当按照国家有关规定执行；会议费的开支应当按照国家有关规定执行，严格控制会议规模、会议数量、会议开支标准和会期。
专家咨询费的开支标准为：以会议形式组织的咨询，专家咨询费的开支一般参照高级专业技术职称人员500-800元/人天、其他专业技术一般人员300-500元/人天的标准执行。会期超过两天的，第三天及以后的咨询费标准参照高级专业技术职称人员300-400元/人天、其他专业技术人员200-300元/人天执行。以通讯形式组织的专家咨询，专家咨询费的开支一般参照高级专业技术职称人员60-100元/人次、其他专业技术一般人员40-80元/人次的标准执行。
严格控制设备购置，项目经费原则上不列支设备购置费，鼓励共享、租赁专用仪器设备以及对现有仪器设备进行升级改造。确有必要购买的，应当对拟购置设备的必要性、现有同样设备的利用情况以及购置设备的开放共享方案等进行单独说明。
第二十三条 间接费用使用分段超额累退比例法计算并实行总额控制，按照不超过项目经费中直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，具体比例如下：
500万元及以下部分不超过20%；
超过500万元至1000万元的部分不超过13%；
超过1000万元的部分不超过10%。
间接费用中绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
间接费用按项目统一核定，其中绩效支出，应当在对科研工作进行绩效考核的基础上，结合科研人员实绩，由所在单位根据国家有关规定统筹安排。间接费用由项目牵头单位和项目合作单位根据各自承担的研究任务和经费额度，协商提出分配方案，在项目任务书中明确，并分别纳入各自单位财务统一管理，统筹安排使用。项目牵头单位和合作单位不得在核定的间接费用以外再以任何名义在项目经费中重复提取、列支相关费用。
