第十三条 专项资金遵循“早建早补、晚建晚补、不建不补”的原则，鼓励地方按照专项规划和本办法开展项目治理工作，加快规划内项目实施。对于前期工作基础好、建设资金能落实、项目管理水平高、组织实施工作有保证的地区，中央集中资金加以支持。
第十四条 专项资金补助标准，按照对东部地区引导、中部地区支持、西部地区和享受西部政策地区倾斜安排的原则，按规划控制投资额30％、60％、80％的比例补助。
第十五条 中央依据绩效评价管理办法（由财政部、水利部另行制定）对地方项目治理完成情况进行监督和考核，项目绩效评价结果与后续资金安排直接挂钩。
第十六条 中央先期安排规划内项目中央应补助资金的比例原则上不高于80％，剩余中央应补助资金待项目治理完成后，依据项目绩效评价结果与省级财政部门实行统一清算，奖优罚劣。奖励资金可用于冲抵项目地方投入。
第四章 专项资金的申报、下达和使用
第十七条 省级财政、水行政主管部门在每年年度终了时联合向财政部、水利部报送当年项目资金完成情况和下一年度项目资金申请计划。
第十八条 专项资金由财政部商水利部确定后，通过专项转移支付方式下达到省级财政部门。
第十九条 专项资金下达到省级财政部门后，由省级财政、水行政部门负责按照规划、前期工作和建设进度等要求，在30个工作日内下达到具体项目，及时拨付资金，并将专项资金分项目安排清单（含地方投入情况）报财政部、水利部备案。负责项目实施的县级（或市级）人民政府要将项目预算和资金使用情况向社会公开，接受社会监督。
第二十条 地方财政部门要将专项资金纳入地方同级财政预算管理。各地区和单位不得以任何理由、任何方式截留、挤占、挪用专项资金，也不得用于平衡本级预算。省级财政部门、水行政部门对本行政区域中小河流治理预算执行和资金监管工作负总责。
