第十六条 国家农发办将综合检查结果作为对有关省级财政部门农业综合开发管理工作进行绩效考评的一个重要因素，并纳入综合因素法在分配中央财政资金时予以体现。
第十七条 检查组实行组长负责制。检查组长应当按照规范的程序组织开展检查工作，对检查人员的工作质量进行监督，对有关事项进行必要的审查和复核，并对检查结果的真实性负责；检查中遇到重大问题，应当及时报告。
第十八条 检查人员应当忠于职守、依法监督、廉洁自律、保守秘密，公正客观、规范高效地完成综合检查任务。
检查人员与被检查单位或检查事项有直接利害关系的，应当回避。
第十九条 被检查单位应当按检查内容，全面、及时提供有关文件、账表、凭证等档案资料和数据，并对所提供材料、数据的完整性和真实性负责。
第二十条 有下列行为之一的被检查单位和个人，财政部除在法定职权范围内按有关规定作出处理以外，还要向有关机关、机构提出追究责任人员责任的建议：
（一）拒绝、拖延提供情况和资料或者提供虚假情况和资料的；
（二）妨碍综合检查人员行使职权的；
（三）拒不执行整改要求的；
（四）报复检查人员的。
第二十一条 有下列行为之一的检查人员，财政部除在法定职权范围内按有关规定作出处理以外，还要向有关机关、机构提出追究责任人员责任的建议：
（一）弄虚作假，隐瞒事实真相的；
（二）滥用职权，以权谋私的；
（三）玩忽职守，给国家和单位造成重大损失的；
（四）泄漏财政部门秘密或者被检查单位秘密的。
第二十二条 对中央有关部门组织实施的农业综合开发项目的综合检查和国家农发办组织的专项检查，参照本办法执行。
第二十三条 新疆生产建设兵团、黑龙江省农垦总局、广东省农垦总局，以及农业综合开发机构未设置在财政部门的，开展综合检查比照本办法执行。
