在基本完成上述工作后，农村信用社改革的重点转向恢复农村信用社的合作制性质。要加强领导、集中力量，根据中国人民银行重新发布的《农村信用合作社管理规定》和
财政部《金融保险企业财务制度》，对现有农村信用社的股权设置、民主管理、服务方向、财务管理等方面进行规范。
农村信用社主要由农户、农村集体经济组织和农村信用社职工入股组成。农村信用社要适当充实股本。农村信用社的最高机构是社员代表大会，实行 “一人一票”制；农村信用社实行理事会领导下的主任负责制。农村信用社主任由社员代表大会选举产生，经县联社审核，报中国人民银行县支行审查其任职资格后，由理事会聘任。农村信用社必须坚持主要为社员服务的方针，优先安排对农村种养业的贷款，对本社社员的贷款要占全部贷款金额的５０％以上。农村信用社按规定交纳准备金，留足备付金，资金运用实行资产负债比例管理，多存多贷、少存少贷、瞻前顾后，合理调剂。
（五）县以上不再专设农村信用社的经营机构。建立农村信用社的行业自律性组织问题，要待上述改革完成后另行制定办法。
（六）农村信用社改革政策性强、难度大，为使农村信用合作事业稳定、健康发展，改革中要注意维护农村信用社的合法权益，国家给予适当的政策支持。中国人民银行要制定防范风险的对策和具体措施。
三、办好国有商业银行，建立农村合作银行
长期以来，中国农业银行为支持农村经济发展作出了重大贡献。在农村信用社与农业银行脱离行政隶属关系、中国农业发展银行的业务主要实行自营以后，中国农业银行要适应新的变化，努力办成真正的国有商业银行，进一步发挥在农村金融中的主导作用，为农业和农村现代化建设作出新的贡献。中国农业银行要进一步加强内部管理，实行资产负债比例管理和风险管理，建立自主经营、自负盈亏、自我发展的机制。对中国农业银行在农村金融体制改革过程中遇到的困难，国家将给予适当的政策支持。随着农村金融体制改革的深入进行，其他国有商业银行要根据商业化经营的原则，适当调整县以下分支机构。
在城乡一体化程度较高的地区，已经商业化经营的农村信用社，经整顿后可合并建成农村合作银行。农村合作银行的性质是股份制的商业银行，与城市合作银行一样，按《
中华人民共和国商业银行法》的要求设立。成立农村合作银行最少要有５０００万元实收资本金。农村合作银行主要为农业、农产品加工业及农村其他各类企业服务，其固定资产贷款不得超过贷款总额的３０％。
