（二）一些部门监管不严，加之事业单位改革尚未到位，部分部门所属单位违反财经制度问题比较突出。此次审计发现的违规问题有80%以上发生在所属二三级单位，涉及金额49.3亿元。
一是预算执行不够严格和规范，主要表现为未经批准改变部分预算资金用途、虚列支出或以拨作支等。其中：210个所属单位未经批准扩大开支范围等10.26亿元；33个所属单位采取虚列支出、以拨作支等方式，将1.51亿元预算资金列支后拨付给下级单位或项目承担单位；13个所属单位采取重复申报项目、多报在编人数等方式，多申领财政资金0.3亿元。
二是私存私放资金设立“小金库”问题仍然存在。2009年以来，各部门深入开展了“小金库”专项治理活动，但此次审计发现，82个所属单位采取截留收入、虚列支出等方式，套取和私存私放资金4.14亿元，主要用于发放奖金、补贴等。
三是收入和资产管理存在一些薄弱环节，主要表现在非税收入征缴、资产核算和出租出借等方面。其中：80个所属单位未按规定征缴非税收入3.09亿元，违规收费3.68亿元；52个所属单位违规出租出借资产、委托理财以及资产入账不及时等，涉及金额18.75亿元；39个所属单位未严格执行政府采购规定，有的是为加快采购进度规避集中采购，有的是执行政府采购政策和程序不规范，涉及采购资金7.57亿元。
（三）部分科技经费使用和管理不够规范，研究成果存在多头充抵问题。至2010年底，审计抽查的8个科技重大专项2246个课题中，有74.68亿元课题经费结存在承担单位，占这些课题2008年启动以来拨款额的36%，但这些资金已列入牵头部门决算支出，影响核算的真实性；抽查133个国家科技支撑计划项目发现，由于科技成果审核把关不严、不同科技计划间信息缺乏共享，在这些项目取得的2775项专利、技术标准等成果中，有547项（占19%）申请或取得时间早于项目的立项时间，或是发明人与课题组成员不一致。
（四）一些部门决算草案编报不够准确。对部门决算草案的审计发现，40个部门账务处理不规范，部分收入、支出、结余和资产反映不够准确，涉及金额22.44亿元，占审计资金总量的0.62%。对其中7.53亿元的问题，相关部门在审计过程中已调整账目和报表；对其他问题，审计长已签署意见，要求予以纠正。
目前，相关部门已追回或归还资金9.06亿元，采取收回账外资产、调整会计账目等方式整改问题金额13.06亿元。
三、财政转移支付审计情况
为摸清财政转移支付制度运行情况，审计署组织对中央转移支付管理和分配情况进行了审计，并重点抽查了18个省的90个县。从审计情况看，2010年，中央财政安排转移支付2.73万亿元，是1994年的11.45倍，保障了中央重大战略决策的落实，为推动地方经济社会发展提供了资金支持。但随着中央财政收入规模和转移支付总量的大幅增长，财政体制和转移支付结构不够科学合理的问题逐渐在财政运行中显现出来，亟待研究解决。
一是转移支付在财政支出中占比较高。由于现行财政体制还不够完善，地方政府的财权难以满足其履行事权的基本需求，主要通过上下级政府间转移支付来解决，导致转移支付在财政支出中占比较高。2010年，中央财政支出的56%是对地方的转移支付；审计的90个县财政支出2630.50亿元中，上级转移支付占46%，其中50个中西部县占比达71%。转移支付制度由分税制财政体制的修正补充机制，变成了对基层政府进行财力分配的主导机制。
二是专项转移支付在转移支付中占比较高。2010年，在中央转移支付总额2.73万亿元中，专项转移支付为1.41万亿元，再加上一般性转移支付中有明确用途的2622.2亿元，共计有61.7%的转移支付是有规定用途的，这一比例虽然低于2009年的62.54%，但比2008年提高8.3个百分点。
三是部分专项资金设置交叉重复、部门多头管理和分配。按现行办法，有些用途类似的专项资金，涉及多个管理部门和多个项目。由于监管未形成合力，加之资金拨付链条长，此次审计的90个县发现多头申报、套取和挪用财政资金等问题金额3.32亿元。此外，至2010年底，90个县专项转移支付总额的20%计116.27亿元，未及时安排使用。
四是上级转移支付资金未完整纳入地方预算。2010年，审计的90个县预算编报的转移支付，仅为实际数的50%，其中30个县未编报专项转移支付。造成上述问题的主要原因是，地方预算编报时间早于全国人大审查批准中央预算的时间，地方政府在编制预算时，上级没有及时把转移支付预算分解到地区和项目，提前告知的预计数与实际结果差距也较大。
针对上述问题，财政部正在研究完善制度；相关地方采取收回挤占挪用资金、完善制度规定、办理项目调整审批程序等措施，已整改问题金额1.32亿元。
四、国税征管审计情况
近年来，各级国税部门认真贯彻执行国家宏观调控政策，坚持依法组织收入，不断加强税源管理、办税服务和纳税评估，较好地完成了收入任务。此次审计的18个省区市国税部门2010年组织税收2.69万亿元，比上年增长16%。但审计也发现，一些国税部门存在违规减免、征管不严导致税款流失等问题。
一是部分涉税审批事项不合规。其中：税务总局个别司2009年至2010年，以非正式公文“司便函”的形式，批准对企业超过认证期限的增值税发票进项税款17.29亿元予以抵扣；12个省的国税部门违规批准税前扣除和减免税优惠等，造成税款流失25.78亿元；9个省有关部门将17户不符合条件的企业认定为高新技术企业，使其享受税收优惠26.65亿元。
二是纳税审核和发票管理不严格。其中：10个区县级国税局为没有真实贸易背景的小规模纳税人代开发票1万多份，15户从事矿产买卖、废旧物资回收和软件生产等业务的企业虚开发票或使用不规范发票，导致税款流失共计14.33亿元；73个国税局对99户企业的纳税申报审核不严，少征企业所得税8.27亿元。
三是有的地方存在人为调节税收进度的问题。2009年至2010年，有62个国税局通过违规批准缓缴、少预缴、以误收名义退税等方式，当期少征287户企业税款263.01亿元；有103个国税局通过违规提前征收、多预缴、不退多缴税款等方式，向397户企业跨年度提前征税33.57亿元。
审计指出上述问题后，税务总局和有关国税局正在采取措施，抓紧纠正违规问题，并完善相关制度。
五、地方政府性债务审计情况
按照国务院的部署和要求，审计署组织全国审计机关4万多人，以“见账、见人、见物，逐笔、逐项审核”为原则，对全国所有涉及地方政府性债务的25 590个政府部门和机构、6576家融资平台公司、54 061个其他单位、373 805个项目和1 873 683笔债务进行了审计。审计的重点是政府负有偿还责任的债务，同时对债务人出现偿债困难时，政府需履行担保责任的或有债务和可能承担一定救助责任的其他债务也进行了审计。审计结果表明，我国地方政府性债务最早发生在1979年，到1996年全国所有省级政府（含计划单列市，下同）、90.05%的市级政府和86.54%的县级政府都举借了债务。截至2010年底，除54个县级政府没有政府性债务外，全国省、市、县三级地方政府性债务余额共计107 174.91亿元，其中：政府负有偿还责任的67 109.51亿元，占62.62%；担保责任的23 369.74亿元，占21.80%；可能承担一定救助责任的16 695.66亿元，占15.58%。在这些债务余额中，有51.15%共计54 816.11亿元是2008年及以前年度举借和用于续建2008年以前开工项目的。
