但审计也发现，部分国税局人为调节税收进度，影响年度税收真实性的问题比较突出；部分国税局办理涉税审批事项不合规，对企业纳税申报审核不严，一些基层国税局违规代开发票，一些企业虚开增值税专用发票，购买、使用虚假发票，一些不符合条件的企业享受高新技术企业税收优惠政策，还有个别税收管理办法不完善，造成税款流失。
二、审计发现的主要问题
（一）有的地方人为调节税收收入进度，提前或延缓征收税款，影响年度税收真实性。
受税收计划影响或地方政府干预，2009年至2010年，15个省区市有62家国税局通过违规批准企业缓税、少预征税款、多退税款等方式，少征287户企业当期税款，影响年度收入263亿元（其中，2009年174.82亿元、2010年88.18亿元）；9个省区市有103家国税局通过违规提前征收、多预征税款等方式，向397户企业跨年度提前征税33.57亿元（其中，2009年30.33亿元、2010年3.24亿元）。
（二）有的涉税审批或涉税意见不合规，对企业不实申报审核不严，造成税款流失34.05亿元。
国家税务总局个别司2009年至2010年，以非正式公文“司便函”的形式，批准企业对超过认证期限的增值税发票进项税额17.29亿元予以抵扣。12个省区市的27家国税局违规为58户企业办理减免退税25.78亿元。18个省区市的73家国税局对企业少报收入、多报支出等问题审核不严格，少征税款8.27亿元。
（三）部分国税局违规代开发票，一些企业违法购买使用发票、虚开增值税发票，造成税款流失14.33亿元。
近几年，国税系统开展了一系列发票专项整治行动，但在发票管理和使用中仍然存在一些突出问题，有10个区县级国税局为没有真实贸易背景的小规模纳税人代开发票，造成税款流失9.11亿元；15户企业虚开发票和使用假发票，造成税款流失5.22亿元。从审计情况看，违规代开、虚开或接受虚开发票主要发生在买卖煤炭等矿产资源、废旧物资和生产软件的企业。目前，审计署已向有关部门移送涉嫌发票违法犯罪案件线索11起。
（四）高新技术企业税收优惠政策执行不严的现象仍然存在，造成税款流失26.66亿元。
审计抽查了18个省区市的148户高新技术企业，不具备资格和不符合条件的企业违规享受优惠政策的问题与上次审计相比有明显下降，但仍有9个省市的认定管理机构将17户不符合条件的企业认定为高新技术企业，导致这些企业2009年至2010年享受高新技术企业减免税优惠26.65亿元。其中，5户企业不拥有核心知识产权，2户企业产品不属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围，3户企业申报的核心技术和主要产品收入没有相关性，3户企业高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的比例未达到国家规定标准，3户企业的研发费用占销售收入的比例低于规定比例，1户企业的科技人员比例不符合规定要求。此外，审计还发现个别国税局对不在高新技术企业名单之内的企业给予了税收优惠117.59万元。
