无条件兴建替代工程的，占用者应当按照新建被占用等量等效替代工程设施的总投资额交纳开发补偿。具体补偿数额，由被占用工程的管理单位编制提出占用补偿方案，经法定的评估机构评定后，由管辖被占用农业灌溉水源工程、灌排工程设施的水行政主管部门审核后，报同级物价、财政部门审定。
第九条 由国家财政投资建设的项目，需占用农业灌溉水源、灌排工程设施的，按照水利工程的现值，由占用单位负责补偿。
第十条 国家建设征用城市郊区菜地的，按《国家建设征用菜地缴纳新菜地开发建设基金暂行管理办法》执行，不再交纳开发补偿费。
第十一条 凡占用农业灌溉水源、灌排工程设施（包括占用期三年以上和三年以下）给工程管理单位造成的经济损失，经法定的评估机构评定后，报相应的水行政主管部门和同级物价、财政部门核准，由占用者给予赔偿。并交付被占用的水源工程、灌排工程设施管理单位，用于弥补损失，不得挪作他用。
对三年以下临时占用期满的，占用者必须负责恢复工程被占用的原貌，经原批准占用的水行政主管部门和有关部门验收合格后，方可办理交接手续。
第十二条 占用农业灌溉水源、灌排工程设施计收的开发补偿费，由省以上各级水行政主管部门会同财政部门依照管辖权限核收，纳入同级财政预算管理，专款专用。
由国务院水行政主管部门和其所属流动机构审批的占用农业灌溉水源、灌排工程设施计收的开发补偿费，由占用者就地交入中央金库，并由国务院水行政主管部门及其所属流域机构负责监交。
第十三条 被占用农业灌溉水源、灌排工程设施核收的开发补偿费，专项用于农业灌溉水源工程、灌排工程开发项目和灌排技术设备改造。
使用时由水行政主管部门编制项目计划，报同级财政部门核准后列支。
对于没有开发条件的地区，应当将核收的开发补偿费交上一级财政部门，按照本条第一、二款规定使用。
第十四条 利用开发补偿费兴建的灌溉水源工程和灌排工程设施及其占用者补偿兴建的替代工程的所有权、使用权，由水行政主管部门会同同级财政部门确定。
第十五条 对违反本办法的单位和个人，县以上各级水行政主管部门依照本办法和有关法律、法规的规定，追究其行政法律责任。
