环保部《关于印发＜2011年国家重点监控企业名单＞的通知》（环办〔2011〕36号）确定的4851家废水、4422家废气国家重点监控企业必须填报《排放污染物申报登记统计表（试 行）》，2864家城镇生活污水处理厂必须填报《污水处理厂（场）排放污染物申报登记统计表（试行）》。上述 12137 家2010年国家重点监控企业的排污申报数据必须录入《排污费征收管理系统》软件。
填报《排放污染物申报登记统计表（试行）》时应当做到信息完整、准确和平衡，表1-1单位基本信息中的中心经纬度等45项指标、表1-7和1-8的主要污染物排放量等数据项必须全部录入，不允许缺报、漏报；所有污水处理厂填报《污水处理厂（场）排放污染物申报登记统计表（试行）》，其中表1-1的第1、2、3、13、14、16、 29等项内容必须认真填写、不能缺漏。在数据录入过程中，要求规范细致，杜绝出现数量级错误和逻辑关系错误。
为满足环境管理和执法需要，录入某些指标项如行业类别、排入水体名称时应尽可能细化，行业类别选择与该排污单位相对应的行业细类名称、排入水体名称须选择直接接纳该排污单位废水的河流名称，如在软件中没有该河流，可自行增加。在数据录入及汇总后应该自行利用国控校验工具进行数据校验，并根据校验结果组织修改完善数据。未通过国控数据校验的不得向上一级环境监察机构报送。
三、认真负责、严格问责，充分运用法律、行政手段推进排污申报和排污费征收工作
各级环境监察机构在进行汇审时，应在逻辑校验基础上，结合往年排污申报核定数据、排污费征收数据和当地统计、水务、能源等部门数据，对数据进行逐项比较，凡不符合要求的，应责成其限期重报或补报；对拒报或谎报的排污单位要依照有关法律法规进行处罚，并责成其限期补办排污申报手续。
各级环境监察机构应当按时上报季度和年度数据库并使用《排污费征收管理系统》软件生成上报汇总表。上报的数据库必须包括年度和季度的数据库。上报时应保证汇总表与数据库一致，严禁任何单位和个人擅自修改和调整数据，凡发现汇总表与数据库不一致或书面报表与电子报表不一致的，情节轻微的，限期改正，情节严重的，取消当年汇审考评资格并进行通报批评。
排污费稽查报告应当包括稽查情况说明、稽查数据分析、稽查建议、稽查企业明细等具体内容。
四、提前汇审、现场评分，进一步强化数据质量
在汇审考评过程中，汇审考评规则每年动态调整，以达到通过汇审考评引导地方按时保质申报、规范排污费征收的目的。在评审方式上，采用“提前评审、现场评分”的方式，把对各省申报、收费数据的校验、核对、打分评比工作全部安排在汇审会议之前。现场汇审时，各省只需核对本省及监督他省得分情况即可。在有确切依据的情况下，可以修订得分。核对结束后，根据核对结果进行最后的统一打分。
