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《实施方案》下发之日起至2011年12月底结束，主要分为全面复查、督导抽查、整改落实、机制建设和总结验收5个阶段。
（一）全面复查（截至2011年5月底）。
我委机关事业单位、社会团体和国有企业，都要认真组织复查，复查面必须达到100%。各单位负责人对全面复查工作负完全责任。要在复查中落实公示制、承诺制和问责制，将复查情况在单位内部进行公示和承诺，并明确责任追究的规定，接受群众监督。
对全面复查中发现的“小金库”问题和各类违法违规问题，要及时整改纠正。复查工作结束后，各单位要填报《“小金库”全面复查报告表》（见附件1）和《“小金库”全面复查统计表》（见附件2），并附文字说明，于2011年6月5日前报送我委治理“小金库”工作领导小组办公室。
（二）督导抽查（截至2011年7月中旬）。
在各单位全面复查的基础上，我委“小金库”治理机构利用6、7两个月时间，结合内部审计工作组织开展督导抽查，并选取具有典型性的单位进行重点抽查。
督导抽查过程中，重点关注有无以假发票套取资金设立“小金库”、虚列会议费和培训费套取资金设立“小金库”、以资产出租和处置收入设立“小金库”、虚列成本费用转出资金设立“小金库”和使用“小金库”款项购买消费卡等。抽查“小金库”的时间按照有关规定掌握，必要时可追朔到以前年度。
督导抽查结束后，各单位要填报《“小金库”重点抽查统计表》（见附件3）、《“小金库”问题举报核查情况统计表》（见附件4）及有关文字说明，于2011年8月5日前报我委治理“小金库”工作领导小组办公室。
（三）整改落实（截至2011年8月底）。
要进一步加强整改落实工作。对于专项治理过程中发现的问题，各相关部门根据各自职能分工依法进行处理和责任追究。要杜绝重检查、轻处理，重财政财务处理、轻责任人纪律处分和组织处理的现象发生，要坚持处理事和处理人相结合，坚决落实对相关责任人员特别是领导干部的党纪政纪追究。对触犯刑律的移送司法机关查处。对于检查中发现的其他违纪违法案件线索，要按有关规定和程序办理移交。
各单位要抓紧完成整改落实工作，并将《“小金库”问题整改落实情况统计表》（见附件5）和文字说明，于2011年11月5日前报我委治理“小金库”工作领导小组办公室。
（四）机制建设（截至2011年11月底）。
防治“小金库”长效机制建设是“小金库”治理的根本任务。为巩固“小金库”治理成果，各单位要按照边治理、边研究、边总结、边完善的思路，将长效机制建设贯穿治理工作始终。要深入分析“小金库”专项治理工作中暴露出的突出问题，注重从实际出发，进一步推动完善和建立健全防治“小金库”长效机制。
