第十二条 合同管理。国家科委批准地方和行业应用工程计划后，由863／CIMS主题专家组（甲方）与科技主管部门（乙方）签订应用工程项目前期支持经费合同，或者由863／CIMS主题专家组（甲方）与受科技主管部门（丙方）委托的专家组（乙方）签订应用工程项目前期支持经费合同。
应用工程项目经过863／CIMS主题专家组组织的认证，由863／CIMS主题专家组（甲方）与科技主管部门（乙方）签订应用工程项目批处理合同，或者由863／CIMS主题专家组（甲方）与受科技主管部门（丙方）委托的专家组（乙方）签订应用工程项目批处理合同。
应用工程项目合同由科技主管部门（甲方）或受科技主管部门委托的专家组（甲方）分别与实施应用工程项目的企业（乙方）签订。
重点应用工程项目合同由863／CIMS主题专家组（甲方）与实施重点应用工程项目的企业（乙方）签订。
合同各方的主管部门应加强对合同执行的监督和管理，检查合同的履行情况，协调解决合同执行过程中出现的问题。
第十三条 经费管理。应用工程（包括重点应用工程）项目的经费主要由企业自筹解决。
国家的拨款由相应的科技主管部门按照国家八六三计划有关的经费管理办法管理，所有款项分期分批划拨到实施应用工程项目的企业，专款专用，任何个人和单位不得挪用。所有拨款应根据项目进度和合同执行情况划拨。对未达到合同阶段目标的企业可少拨和缓拨，直至停拨项目经费。
应用工程中重大共性技术的研究和开发以国家支持为主。地方和行业需要的应用技术开发，以地方或行业支持为主。
第十四条 项目管理。应用工程项目分阶段实施，一般分初步设计、详细设计、实施、运行和验收五个阶段，时间为两年左右。
应用工程项目的初步设计报告须经地方或行业专家组审查后方可进入实施。如确需调整项目进度，实施应用工程项目的企业要向相应的地方或行业专家组提出书面报告，获得批准后执行。
重点应用工程项目的初步设计报告须经863／CIMS主题专家组审查后方可实施。如确需调整项目进度，实施应用工程项目的企业要向863／CIMS主题专家组提出书面报告，获得批准后执行。实施应用工程项目的企业要加强对联合设计组的领导，把握工程方向，培养自己的技术队伍。
