１、首先重点建设２所高等学校，使其在教学、科研和人才培养的整体水平上，接近和达到国际先进水平，并在国际上确立较高的声誉和地位。
２．着重提高和改善２５所左右与我国社会主义建设密切相关、重点学科比较集中、承担较多公共服务体系建设任务的高等学校的教学和科研基础设施条件，使其在人才培养质量上有显著提高，一些重点学科接近或达到国际水平，并在高等学校中起到骨干和示范作用。要注重支持与基础产业、支柱产业密切相关院校和重点学科点的建设，加大国家急需的高级专门人才和应用技术人才的培养力度，以体现“２１１工程”建设面向经济建设主战场。
３、加强３００个左右与经济社会发展、科技进步和国防建设密切相关的重点学科点，增强持续培养适应社会主义市场经济需要的相关领域高水平人才的能力。
４、完成高等教育公共服务体系的基本框架建设。
“２１１工程”的具体建设方式：
原则上将主要建设内容统筹考虑在拟确定的重点建设大学和要提高、改善的大学中进行，即重点学科、教育和科研计算机网、图书文献保障系统、现代化仪器设备共享系统项目，主要在拟确定建设的上述两类高校中统筹安排，以体现资金的有效使用和发挥高等学校的综合效益。少数重点学科及其他建设项目可安排在另外一部分高等学校中进行。
二、工程建设资金
“２１１工程”所需建设资金，采取国家、部门、地方和高等学校共同筹集的方式解决。按现行高等教育管理体制，建设资金主要由学校所属的部门和地方政府筹措安排，中央安排一定的专项资金给予支持，对工程建设起推动、引导和调控作用。
部门和地方政府的专项资金，要优先保证国家重点学科、高等教育公共服务体系建设的需要，并安排好有关高等学校上水平所必须的基础设施建设。中央专项资金主要用于补助国家重点学科的高等教育公共服务体系的建设，补助少数高等学校整体水平提高所需基础设施的建设。
中央专项资金以１９９５年的３．５亿元为基础，到“九五”期末安排２１－２５亿元，此外，国家计委“九五”期间将继续安排重点大学建设专项投资３．８亿元，统筹用于“２１１工程”建设。在国家财政安排增加预算内投资的情况下，中央专项资金在此基础上争取有所增加。中央专项资金中国家计委和财政部的分担比例为６．５∶３．５。“２１１工程”专项资金专款专用，单独核算。
中央专项资金（含重点大学建设专项投资）将根据各重点建设的高等学校和重点学科的具体任务确定安排额度。原则上，对确定重点建设的２所高校的安排为其总建设资金的７５％，对国家教委和中央部门所属高校根据不同情况安排５０％左右，地方高校不超过２５％。
