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2．关于部分项目进展缓慢，有的未能达到预期效果的问题。一是对19个省市的448个新建廉租住房和10个棚户区改造项目完成计划投资额比例低以及225个项目地方配套资金到位率低的问题，有关地方加快了投资和建设进度，截至2010年10月底，上述廉租房和棚户区项目的投资完成额分别达到计划投资额的61.35%和70.91%，225个项目的地方配套资金落实率提高到65.95%。二是对19个省区的103个县2006年至2008年计划内有123.3万人饮水不安全未解决的问题，水利部下发了《关于进一步加快2009年扩大内需水利投资建设的通知》（水规计〔2009〕419号），要求在2009年9月底前，农村饮水安全工程要100%开工建设，并采取督导、督办等措施加快工程建设，使上述饮水不安全问题在2009年底前全部得到了解决。三是对18个省区的156个农业综合开发产业化经营项目中有60个未能发挥预期效益的问题，国家农业综合开发办公室要求各级农业综合开发部门在今后的项目立项审批中，加大项目效益评估力度，确保项目实施的可行性；进一步加强产业化经营项目管理，更加严格项目立项条件、评审标准和程序，重点扶持具有明显竞争优势和辐射带动作用的项目；有关地方正在督促项目单位限期整改，切实落实资金，完成项目建设目标。
3．关于部分项目管护措施落实不到位，后续管理尚需加强的问题。一是对一些地区出现的廉租住房租金收取难、日常管理维护难和不符合保障条件的住户退出难等现象，有关地区和部门正在积极研究解决办法，有的城市采取了分户计量收费、建立共用设施专项维修资金以及小区住户自主管理等方式。二是对抽查的1181处农村饮用水安全工程均未落实所有权，工程运营和后续维护前景堪忧等问题，水利部下发了《关于加强农村水资源保护工作的通知》（办资源函〔2009〕289号），正在与财政部研究制定饮水安全工程产权界定细则；还与发展改革委联合开展了农村饮水安全工程运行用电价格专题调研，正在研究制定电价优惠扶持政策。水利部还积极推广“先建机制、再建工程”和“提前明晰产权、再建工程”的做法，落实工程管理主体和管理措施；采取以县为单位组建项目法人、在县财政设立“饮水安全工程维护基金”和推动设立县级农村饮水安全工程管理总站的办法，解决工程维护不到位和工程利用率不高的问题。截至2009年底，各地已建成的集中式供水工程全部配备了净化消毒设施，供水水质合格率低的问题已全部解决。
4．关于套取、滞留、转移挪用或挤占财政资金等7.14亿元的问题。一是涉及3.57亿元农业综合开发资金的问题，除用于农业项目建设的部分资金不再追缴外，相关地方政府已收缴资金2.61亿元（占应收缴资金的94.22%），并有6人被依法追究刑事责任，51人受到党纪政纪处分；国家农业综合开发办公室还拟取消存在违规骗取中央财政贴息资金问题的项目单位今后5年申报农业综合开发项目的资格，暂停相关县的农业开发县资格，并扣减相关省份下一年度中央财政资金指标；进一步完善资金分配办法，提高资金分配透明度，完善资金监管机制和责任追究制度。二是涉及3.06亿元农村饮用水安全工程项目资金的问题，水利部会同有关部门督促有关地方政府，在审计发现之后15天内将2.81亿元滞留资金按有关规定全部下达到项目单位，挪用的0.25亿元资金也于2009年9月底全部追回，并对相关责任单位和责任人做出了严肃处理。三是涉及0.51亿元城市最低生活保障资金的问题，截至2010年底，相关地区共归还被挤占的资金5139.75万元（占99.47%）。
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